早读 | BRCA1/2变异解读的临床应用，这篇总结很全面！
目前，BRCA1/2基因检测一般采用二代测序技术。除应用于点突变和小片段插入/缺失的检测外，在测序策略和生物信息学工具方面有着特殊设计的二代测序也可用于大片段重排的检测。Sanger测序是检测BRCA1/2基因点突变和小片段插入/缺失的传统技术，现在一般用于二代测序检测结果的验证。多重连接依赖性探针扩增（multiples ligation-dependent probe amplification assay，MLPA）常用于BRCA12基因大片段重排的检测。本文介绍的是临床上BRCA1/2基因变异的解读及应用。
BRCA1/2基因变异类型、检测区域及检测方法
BRCA12基因变异类型主要包括点突变、小片段插入缺失和大片段重排（large genomic rearrangement）等。除BRCA 12基因编码区的变异外，内含子发生的一些变异亦可能会通过干扰RNA剪接等方式影响蛋白质功能，因此，BRCA1/2基因检测必须同时覆盖编码区和相邻边界区（以土20 bp为佳）。
肿瘤BRCA1/2变异解读
胚系变异的解读重点关注该变异对于某种遗传疾病的致病性，而肿瘤变异的解读关注该变异对临床实践的影响，如对某种粑向药物敏感性的预测、对疾病的诊断或预后判断的价值等。因此相对胚系变异而言，肿瘤变异的解读更为复杂，尚未形成一个被普遍认可的分类标准。
目前国际上有多个机构推出了以临床意义解读为核心的肿瘤变异解读的指南，如2017年由临床医师和瘤症生物学专家组推出的OncoKB，AMP和美国临床肿瘤学会（ASCO）、美国病理学家学会（CAP）联合发布的肿瘤组织变异解读和报告标准与指南等'。在2017年AMP/ASCO/CAP联合发布的肿瘤体细胞变异解读和报告标准与指南里，将肿瘤中体细胞变异的证据级别分为A、B、C、D4个等级。
A类证据为美国FDA批准用于某种特定肿瘤治疗靶向药物的生物标志物，或来自临床诊疗指南中对某特定肿瘤作为治疗、诊断或预后的生物标志物；
B类证据为在较大规模的临床研究证实且取得该领域专家共识的生物标志物；
C类证据为在其他癌种中获得FDA或专业机构批准的生物标志物，已作为临床试验的筛选入组标准，或基于多个小型研究具有诊断或预后意义；
D类证据为临床前研究表明可能有治疗指导意义，或在小规模研究、未达成共识的多个病例报道中表明该突变具有指导诊断和预后判断的意义。
在此基础上，进一步将肿瘤的变异按照其临床意义分为4个层级。
Ⅰ级：临床意义明确的变异（A类或B类证据）；
Ⅱ级：具有潜在临床意义的变异（C类或D类证据）；
Ⅲ级：临床意义未明的变异；
N级：良性或可能良性的变异。
总而言之，现有的肿瘤变异解读指南大都围绕基因变异功能疾病-用药这一线索，按照其中每一项的证据等级对变异进行分类，并由此形成知识库，方便从业人员进行检索。不同组织机构形成的知识库在基因的覆盖、变异的命名、用药推荐以及证据的罗列方面均有差异，因此在进行肿瘤变异解读时，最好整合多个数据库的检索结果，对于重要的变异，可考虑追溯原始文献证据，以使解读尽可能精确，最大限度地支持临床决策。
对于肿瘤BRCA12基因变异，我们建议在前述BRCA1/2基因变异致病性分类的基础上，结合目前国内外的批准情况及临床诊疗指南共识推荐，将肿瘤BRCAI2变异根据临床意义分为4个层级。
Ⅰ级：临床意义明确的变异，来自国内外权威机构批准或临床诊疗指南共识推荐可作为治疗、诊断或预后的生物标志物，如乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌中的致病性/可能致病性BRCA1/2变异；
Ⅱ级：具有潜在临床意义的变异，如其他癌种中的致病性/同能致病性BRCA12变异；
Ⅲ级：临床意义未明的BRCA1/2变异；
N级：良性或可能良性的BRCA1/2变异。
需要注意的是，随着肿瘤生物学的快速进展，BRCA1/2变异对于治疗、诊断、预后的临床意义也在不断的更新，这必然会影响到肿瘤BRCA12变异的临床意义评级。另外，与表皮生长因子受体（EGFR），BRAF等瘤基因变异相比较，BRCA12基因不存在突变热点，BRCA12基因特定区域/位点/类型的变异与用药关联的证据需要更多数据的积累。
胚系与肿瘤BRCA1/2变异解读的临床应用
胚系检测一般使用血液、唾液、口腔拭子等样本，目前以血液（白细胞）样本为主，检测到的BRCA12变异为胚系变异。
肿瘤检测一般使用手术或穿刺获得的肿瘤组织样本，肿瘤样本中检测到的BRCA12变异既可能是胚系变异，也可能为体细胞变异。在临床实践中，如果仅送检肿瘤组织样本，推荐按照肿瘤BRCA 1/2变异解读原则进行解读：如果仅送检血液样本，推荐按照胚系BRCA1/2变异解读原则进行解读：如果送检的是肿瘤和血液配对样本，那么需要首先明确检测到的变异是胚系变异还是体细胞变异，对于确认为胚系变异的，按照胚系BRCA1/2变异解读原则进行解读，对于确认为体细胞变异的，按照肿瘤BRCA1/2变异解读原则进行解读。
需要特别指出的是，在临床实践中，胚系与肿瘤BRCA12变异分类/分级并不是相互独立的，需要联合应用。卵巢癌等肿瘤患者中检出的致病性/可能致病性胚系BRCA 1/2变异对于肿瘤的治疗与预后有非常重要的临床意义，在按照胚系BRCA12变异解读原则进行分类后，对于致病性/可能致病性变异也可进一步解读其在所罹患肿瘤中的临床意义；而肿瘤中检出的体细胞BRCA1/2变异，在根据肿瘤BRCA12变异解读规则进行临床意义分级之前，需要参考胚系BRCA12变异致病性分类，只有致病性/可能致病性变异才能被归为1级（乳腺癌、卵巢瘤、胰腺癌、前列腺癌）或Ⅱ级（其他癌种）。
BRCA12基因检测报告
一份完整的BRCA1/2基因检测报告要能够被肿瘤科医师或其他非分子病理学专业的医师理解，报告内容应至少包括以下部分：样本信息、检测结果、基因变异分类的详细解释、检测方法和覆盖区域、签名和联系信息。样本信息部分应包括受检者/患者基本信息、样本类型、临床诊断、家族史。若送检的是肿瘤组织，样本信息部分还应该包括病理诊断、肿瘤细胞含量、取材时间、样本处理方式等信息。
对于胚系BRCA12变异，检测结果部分应列出在该受检者中发现的所有3-5类基因变异，并列出总体BRCA1/2状态；对于肿瘤组织BRCA12变异，检测结果部分应列出在该患者中发现的所有1-ll级变异。基因变异分类的详细解释部分应提供基因变异分类/分级证据的简要说明，并指明所依据的变异解读指南或标准名称。检出胚系致病性/可能致病性变异时，应建议对受检者的血亲进行遗传咨询以及该变异的检测；在肿瘤组织中检出致病性/可能致病性变异但不能区分胚系或体细胞来源时，应建议进行该变异的胚系检测验证。检测方法和覆盖区域部分应明确描述使用的是何种BRCA检测方法以及该方法覆盖的指定序列区域。签名和联系信息部分应列出实验操作、数据分析与报告撰写、报告复核的人员姓名及便于进一步问询的联系信息。数据分析人员应具有临床医学、分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学分析培训。