PNAS | 结直肠癌相关肠道菌群可造成致癌的表观遗传特征

推荐:江舜尧

编译:胜寒

编辑:小菌菌

法国巴黎东区大学EC2M3课题组Iradj Sobhani等人于2019年11月11日在PNAS发表题目为《Colorectal cancer-associated microbiota contributes to oncogenic epigenetic signatures》的文章,在对266个个体的初步研究中,结果表明表观基因组(甲基化)DNA改变与CRC和微生物群组成相关。该研究促进了我们对结肠畸形在结直肠癌发病机制中的作用的认识和理解。
文章摘要

散发性结直肠癌(CRC)是宿主与其环境之间复杂相互作用的结果。环境压力引起宿主细胞DNA改变,这种改变与癌症的发生有关。本文在人和小鼠上对这些改变的表观遗传学性质进行了研究。无菌小鼠接受结肠镜检查正常的人的粪便或CRC患者的粪便,之后进行7或14周的监测。在人类粪便转移后监测异常的隐窝病灶、管腔菌群和DNA改变(结肠外显子组测序和甲基化模式)。在小鼠结肠粘膜中,与CRC相关的微生物群诱导了更多的高甲基化基因。在CRC中,SFRP1、2、3、PENK、NPY、ALX4、SEPT9和WIF1高甲基化,但在正常组织或粪便捐赠者的排泄物中没有发现。在一项初步研究(n = 266)中,3个基因(Wif1、PENK和NPY)的血液甲基化水平与CRC异常密切相关。在一项验证研究中(n= 1000),这些基因的累积甲基化指数(CMI)在CRCs中明显高于对照组。此外,包括粪便免疫化学血液检测在内的多因素分析显示,CMI是CRC患病的独立危险因素。最后,通过全基因组分析确定了血液中CMI较高个体的粪便细菌种类。与CRC相关的菌群异常可以诱导宿主基因的甲基化,而相应CMIs和相关细菌是CRC潜在的生物标志物。

文中重要图片说明

图1 |  FMT后小鼠结肠粘膜的组织学形态

图2 |  FMT后小鼠DNA变化

图3 |  与粪便菌群相关的高甲基化基因的鉴定

图4 |  CCR2队列参与者的特征

表1 |  结直肠癌患者和结肠镜检查正常的对照组的粪便菌群分布。

表2 |  CCR2队列中粪便微生物群的差异

表3 |  粪便细菌种类




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