土地增值税的47个涉税疑难问题处理技巧
1、双方均不支付补价的土地置换中的土地增值税处理
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）第二条规定：条例第二条所称的转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为。基于此规定，在土地置换中，如果换出土地是国有土地，并且国有土地使用权发生了转让，是有偿转让房地产的行为，属于土地增值税应税行为，应该征收土地增值税，如果国有土地使用权没有发生转让，根据《关于未办理土地使用权证转让土地有关税收问题的批复》（国税函[2007]第645号）的规定，只要土地使用者享有占有、使用、收益或处分该土地的权利，且有合同等证据表明其实质转让、抵押或置换了土地并取得了相应的经济利益，土地使用者及其对方当事人应当依照税法规定缴纳营业税、土地增值税和契税等相关税收。则需要缴纳增值税。总之，双方均不支付补价的土地置换的行为，无论是否办理土地使用证的变更手续，都应该缴纳土地增值税处理。
2、将国家无偿划拨的土地进行有偿转让，但未办理土地使用权证变更手续，的土地增值税处理
根据《关于未办理土地使用权证转让土地有关税收问题的批复》（国税函[2007]645号）的规定，土地使用者转让、抵押或置换土地，无论其是否取得了该土地的使用权属证书，无论其在转让、抵押或置换土地过程中是否与对方当事人办理了土地使用权属证书变更登记手续，只要土地使用者享有占有、使用、收益或处分该土地的权利，且有合同等证据表明其实质转让、抵押或置换了土地并取得了相应的经济利益，土地使用者及其对方当事人应当依照税法规定缴纳营业税、土地增值税和契税等相关税收。因此，将国家无偿划拨的土地进行有偿转让，但未办理土地使用权证变更手续，应当依法缴纳土地增值税。
3、未取得项目立项也未取得商品房预售许可证的房地产开发企业，在租赁土地上建造的房产销售的土地增值税处理
《土地增值税宣传提纲》（国税函发[1995]110号）第四第规定：根据《条例》的规定，凡转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的行为都应缴纳土地增值税。这样界定有三层含意：一是土地增值税仅对转让国有土地使用权的征收，对转让集体土地使用权的不征税……。二是只有转让的房地产征收土地增值税，不转让的不征税。如房地产的出租，虽然取得了收入，但没有发生房地产的产权转让，不应属于土地增值税的征收范围。……
根据上述文件精神，房地产开发企业在租赁土地上开发的房地产进行“转让”的，不缴纳土地增值税。
4、房地产开发企业的建设工程，在工程项目登记备案时，没有进行分期项目的备案，但是，企业自行划分了项目分期建设，在做土地增值税清算时，是否可以自行划分的分期建设为项目单位进行汇算？
根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）的规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
因此，在土地增值税清算时，不能以企业自行划分的分期工程建设项目为单位进行清算。
5、房地产开发公司在土地拆迁中，拆迁合同约定对被拆迁房屋以新建房补偿，在计算土地增值税如何处里，如果补偿面积超过拆迁合同确定的补偿面积，如何处理？
房地产开发公司在土地拆迁中，拆迁合同约定对被拆迁房屋以新建房补偿，在拆迁时以合同约定的房屋拆补偿款作为土地征用及拆迁补偿费，并在新建房补偿拆迁房交付时，按合同约定的房屋拆补偿款计入转让收入。如果实际以新建房补偿的面积超过拆迁合同约定的补偿面积，超过部分的面积按企业销售同类房地产的市场价格计算销售收入。
6、房产转让合同上约定了房价，但不包含转让税金，约定转让税金由房产受让方承担，转让收入怎样确定？
房产转让合同上约定了房价，约定转让税金由房产受让方承担，先按以下方法计算转让收入：转让收入=合同约定转让价格÷（1-受让房替转让方承担应纳税收的税率之和）。以此方法计算的转让收入合理的，据以计算土地增值税，不合理的，由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
7、房地产开发企业用开发的商品房对外投资，没有取得货币收入，计算土地增值税时的收入确定
根据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）第十九条的规定，房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产,其收入按下列方法和顺序确认：
1>.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；
2>.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
8、一次性获取土地使用权，但是分期分批开发，在计算土地增值税时，如何确定扣除项目中获取土地使用权所支付的金额？
答：《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）第六条的规定，纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发，转让房地产的，其扣除项目金额的确定可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊。
9、土地使用权评估增值是否可以作为成本扣除？
纳税人对其拥有的土地使用权进行评估，评估增值额无论会计上如何处里，在土地使用权转让计算土地增值税时，不应作为土地增值税扣除项目。
10、单位转让土地使用权时,土地部门收取的土地闲置费、土价评估费的土地增值税处理
根据国家税务总局关于印发的《土地增值税宣传提纲》（国税函发[1995]110号）第五条第一款规定：取得土地使用权所支付的金额，包括纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。具体为：以出让方式取得土地使用权的，为支付的土地出让金；以行政划拨方式取得土地使用权的，为转让土地使用权时按规定补交的出让金；以转让方式取得土地使用权的，为支付的地价款。土地部门收取的土地闲置费不能作为取得土地使用权所支付的金额扣除。
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第四条规定：“房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。”。
根据《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第十二条规定：纳税人转让旧房及建筑物时因计算纳税的需要而对房地产进行评估，其支付的评估费用允许在计算增值额时予以扣除。对条例第九条规定的纳税人隐瞒、虚报房地产成交价格等情形而按房地产评估价格计算征收土地增值税所发生的评估费用，不允许在计算土地增值税时予以扣除。因此土地估价费能否扣除应视具体情况而定。
11、纳税人取得土地应上交的土地出让金不直接支付给土地部门，而是作为政府部门对企业投资，可否作为计算土地增值税扣除项目？
纳税人取得土地的应上交的土地出让金不直接支付给土地部门，而是作为政府部门对企业投资，如果其金额与土地出让合同确定的土地出让金金额一致，并且取得了土地出让金合法票据，在土地使用权转让计算土地增值税时，应当作为扣除项目。
12、房地产开发企业按“以地补路”的方式取得土地，但是该单位支付修路款时，取得的是政府部门财政收据，支付修路款是否可以作为取得土地使用权支付的金额？
房地产开发企业房地产开发项目的立项文件中或政府的其他文件中包含“以地补路”方式取得土地的内容，如果道路是由其他单位施工的，并且财政部门或其他部门以代付了修路费用，向代付单位支付的修路费取得的是财政收据，可经审核确认后作为取得土地使用权支付的金额；如果道路是由该房地产开发公司直接施工，支付的修路费取得的是财政收据，则不能作为取得土地使用权支付的金额。
13、对于以地补路（工程）的项目，其修路成本和承担工程的成本，能否看作是其取得土地的成本？
土地增值税暂行条例实施细则（财法字[1995]6号）第七条第一款规定：取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。考虑到一些房地产开发项目尽管看似无偿取得了土地，实际上取得的土地是承担了修建道路和政府工程成本而获得的补偿，房地产开发公司可以修建道路和政府工程成本作为取得土地所支付的金额，但是应当核实所发生修建道路和政府工程成本的真实性，并有相关的政府文件或者合同（协议）为依据。
14、房地产企业将一些工程尾款挂在应付账款上以保证工程质量，这些应付账款可否计入开发成本。
根据《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号）第二十一条第一款规定：在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。如果合同约定以部分工程款作为质量保证金，符合合同法规规定的比例要求，并且开具了发票，应当作为房地产开发成本按规定扣除。
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第二条规定：“房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。”
15、房地产开发企业在进行土地增值税清算时无法完整的提供前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费等开发成本的凭证或资料，如何进行土地增值税的清算？
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第四条第（二）项规定：“房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，地方税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。具体核定方法由省税务机关确定。”
如《江苏省地方税务局转发<国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知>的通知》(苏地税发[2007]75号)规定，对房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，各省辖市地方税务局可参照当地建设工程管理造价部门最新公布的建安造价定额资料, 结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。
所以，如果不能完整的提供前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费等开发成本的凭证或资料，可参照当地建设工程管理造价部门最新公布的建安造价定额资料, 结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。
16、房地产企业发生的编标费、中标费、投标费、招标费、招标监督费，是否可以扣除？
编标费、中标费、投标费、招标费、招标监督费等费用是与工程招标相关的费用，按国家财务会计制度的规定计入有关成本，并按土地增值税政策规定扣除。
17、房地产开发企业所建商品房装修后销售的，装修成本如何扣除？
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第四条第（四）项规定：“房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本”。
房地产开发企业将所建商品房装修后销售的，如果在计算转让收入时，向购房方收取的装修费用计入计算土地增值税的转让收入的，装修成本可以计入房地产开发成本，按规定扣除，并可作为计算加计扣除金额的基数。如果向购房方收取的装修费用不计入房地产转让收入，则装修费用不可以作为土地增值税的扣除项目。
18、国家税务总局关于印发《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》的通知（国税发[2009]31号）规定，开发间接费包含项目营销设施建造费，在计算土地增值税时开发间接费是否包括项目营销设施建造费？
根据《土地增值税暂行条例实施细则》的规定，开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
因此，计算土地增值税时，项目营销设施建造费不能包含在开发间接费里。
19、纳税人缴纳的规费可不可以作为扣除利息和管理费用的基数？
房地产开发企业取得土地和房地产开发过程中发生的规费，如果按会计制度应当计入取得土地成本、房地产开发成本的，应当作为计算扣除利息和其他房地产开发费用的基数。