研究方法系列 | 菌群丰度差异分析-spass小技巧(下)

小伙伴们,上一篇中我们留了一个问题,Bacteridoes的标注方法是1,2*,3,4,你答对了吗?这一篇中将讲解当数据方差不齐的时候,如何用非参数检验比较组间差异,特别提醒下面演示的功能,只有spass22.0以上版本才具有。

上篇链接:研究方法系列 | 菌群丰度差异分析-spass小技巧(上)

3. 非参数检验

3.1无基底组多重比较

当数据方差不齐时,通常选用非参数检验,这种检验方法不受数据是否符合正态分布的限制。操作时,选择【分析】 → 【非参数检验】 → 【独立样本】,在弹出的对话框中有三个小标签,【目标】中默认选择【自动比较不同组间的分布】。

【字段】中选择【使用定制字段分配】,将分析变量Actinabacteria放入【检验字段】框中,将分组变量VAR001放入【组】中。

【设置】中选择【自定义检验】, 如果是无基底多重比较,则勾选【Kruskal-Wallis单因素 ANOVA(k 个样本)】,选择【所有成对比较】。最后点击【运行】按钮。

结果如下,报告中Kruskal-Wallis检验结果,P=0.003,即拒绝H0假设,至少有一对两两比较组差异显著。双击此结果表格,出现详细的两两比较检验结果如下图。

左边为Kruskal-Wallis检验结果,右边为各分组之间的对比情况,在【查看】选项中选择【成对比较】,即可出现两两比较的结果。

P值<0.05即为差异显著,因此结合上面的箱型图,Actinobacteria在4个组的差异情况可标注为1ab,2b,3b,4a。

3.2 有基底组多重比较

如果是有基底多重比较,数据填充需要进行如下改动,即每一个比较列只有两个组,下图为以4组为基底组的数据填充和【字段】选择。

【设置】中勾选【Mann-whiteney(两样本)】或者【Kolmogorov-Smirnov(两样本)】,最后点击【运行】按钮。

由图可知,以第4组为基底,Mann-Whiteney检验结果显示1组、2组和3组对于4组均有显著差异。

由图可知,以第4组为基底,Kolmogorov-Smirnov检验结果显示2组和3组对于4组均有显著差异,而对于1组没有差异。

这两种检验方法的原理不同,因此结果会有差异。小编推荐大家根据自己的数据情况选择合适的检验方法,但是一旦选择,则在各个菌群比较需始终保持一致。

好了,到这里我们使用Spass进行菌群丰度比较分析,标注差异显示的小技巧就分享完了。在此提醒各位小伙伴,使用Spass22.0以上版本哦,下面以一张图总结我们的分析策略吧!

END

(0)

相关推荐