PrognoScan：肿瘤生信文章分析基因预后宠儿 / 开普饭

怎样才能不做实验,不用R语言,还能发3分+SCI? 今天介绍几个可以用得上的数据库,只利用数据库中的数据进行分析,甚至不用R,利用在线分析工具,敲敲电脑就能解决急需发文章,没时间做实验,没有科研经费的 ...

之前我们介绍过一些用来预测基因在肿瘤当中表达情况的数据库.例如,GEPIA.UALCAN这些的.这些的数据库主要是通过输入目标基因,同时点击想要进行分析的模块就可以返回相关的结果.如果厌倦了点点点的话 ...

文章今年一月份在线发表在Theranostics(IF: 8.579). Identification and validation of hypoxia derived gene signature ...

如何利用ICGC数据库来寻找一个突变相关课题昨天我们介绍了ICGC来浏览PCAWG数据的基本功能.昨天的那样介绍,稍微有一些零散,所以我们可以假设一个例子来使用ICGC数据库分析一下看一看. 以下是 ...

有小伙伴说想知道GEPIA数据库的用法.正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能.所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧.昨天我们介绍了其中一部分,这里我们来说一下后面的一 ...

今天为大家分享2020年11月9日发表在cancers(IF:6.126)的一篇文章,主要揭示22个粘蛋白基因在胰腺癌中的表达及预后作用,这是一篇极易模仿的纯生信文章,重点在于文章中大部分结果图都是通 ...

随着高通量测序技术的迅猛发展,各种生物医学数据库应运而生,大数据挖掘技术已成为生物医学领域中最新最重要驱动力之一.GEO是当今最大.最全的公共基因数据资源库,包括基因的表达.突变.修饰等信息,涵盖几乎 ...

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

您的SCI选刊助手!大家好,今天酒酿丸子和大家分享的是一篇9.913分的学习笔记:文末点击阅读原文可获得原文笔记.题目:结直肠癌中肿瘤浸润性CD8 + T细胞在早期与晚期的基因表达差异及预后不良的基因 ...

上皮间质转换(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)是一个肿瘤发生过程当中的一个重要过程.这个过程主要是通过上皮细胞失去细胞极性和细胞间粘附力,并获得迁移和侵袭 ...

生信论文的套路 ONCOMINE从全景.亚型两个维度做表达差异分析: 临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库),很重要: Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性: cBi ...

一提到数据挖掘,可能大家都会想到肿瘤数据挖掘,而是忽略非肿瘤的方向.今天,我们就给大家介绍一下非肿瘤方向的数据挖掘.作者是日本人,研究是的慢性牙周炎,也就是口腔科,文章发表在BMC Oral Heal ...

本研究作者旨在探讨钙结合蛋白家族成员S100A16在胰腺癌(pancreatic cancer , PC)中的表达和预后价值评估.首先利用Oncomine检测S100A16在PC等肿瘤中的表达水平及预 ...

关于TCGA表达数据的分析.之前我们我们介绍过.目前可能用的最多的也就是GEPIA了.之前在GEPIA2发表的时候(GEPIA I, GEPIA II),我们对这个数据库进行了介绍.最近.GEPIA的 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2562天零代码复现基因家族分析今天我为大家带来一篇发表在Frontiers in Oncology杂志上,影响因子为4.848的一篇分析基因家族的生信文章,之前我复现 ...

在进行肿瘤相关研究的时候,如果有这个肿瘤的随访时间和随访的结局,往往都可以进行预后分析.通过预后分析来了解某一个分组(治疗方式,基因突变,基因表达高低)是否影响肿瘤患者的预后.那么如果在基因研究的时候 ...

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