R绘图 雷达图-单基因泛癌差异表达的另类展现形式
往期回顾：
今天我们介绍一个专门画雷达图的包：ggradar
具体见：https://github.com/ricardo-bion/ggradar
ggradar包是ggplot2包的一个扩展包
安装包
devtools::install_github("ricardo-bion/ggradar", dependencies = TRUE)我运行这个代码一直出错，总显示我连接不上，然后到处找解决方案。眼看都行不通，随手又点了一下，安装成功了！
ggradar的使用
library(ggradar)library(dplyr)library(scales)library(tibble)mtcars_radar <- mtcars %>% as_tibble(rownames = "group") %>% mutate_at(vars(-group), rescale) %>% tail(4) %>% select(1:10)画图
ggradar(mtcars_radar)选择前两个指标画图
ggradar(mtcars_radar[1:2,])雷达图一般是在财务报告中用的，那么在我们生物信息学中有什么作用呢？
试想一下，如果你做泛癌分析，想看几个基因在泛癌中的表达，得到了每个癌种中的logFC，要用什么图表示呢？当然，最直观的就是热图，还可以显示数字。那么对于单基因的泛癌表达差异，用什么表示呢？可以用一排点图或者箱图来展示。这里我觉得可能单基因泛癌表达，用雷达图表示，更能体现不同肿瘤中的表达差异的变化关系。
咱们构建一个数据集
options(stringsAsFactors = F)DAT<-data.frame( group=c('gene1','gene2','gene3'), LIHC=c(1, -3,2), BRCA=c(1, 0,2), COAD=c(1, 2.2,2), READ=c(1, 2.5,2), OV=c(1, 2,2), BLCA=c(1,-1,2), HNSC=c(1,-2,2))数字表示基因在肿瘤中的差异表达的log2FC
画出3个基因的差异表达情况
ggradar(DAT, grid.min = -3, grid.mid = 0, grid.max = 3, values.radar = c("-3", "0", "3"), gridline.min.colour = "grey", gridline.mid.colour = "blue", gridline.max.colour = "orange", axis.label.size = 5, axis.line.colour = "grey", legend.text.size = 14, legend.position = "left", background.circle.colour = "white", background.circle.transparency = 0.1, )选取gene2作图
ggradar(DAT[2,], grid.min = -3, grid.mid = 0, grid.max = 3, values.radar = c("-3", "0", "3"), gridline.min.colour = "grey", gridline.mid.colour = "blue", gridline.max.colour = "orange", axis.label.size = 5, axis.line.colour = "grey", plot.title = "log2(Fold Change) of Gene2 in TCGA", legend.text.size = 14, legend.position = "left", background.circle.colour = "white", background.circle.transparency = 0.1,)log2FC从小到大排个序
DAT1<-select(DAT, group, colnames(sort(DAT[2,2:8])), everything())ggradar(DAT1[2,], grid.min = -3, grid.mid = 0, grid.max = 3, values.radar = c("-3", "0", "3"), gridline.min.colour = "grey", gridline.mid.colour = "blue", gridline.max.colour = "orange", axis.label.size = 5, axis.line.colour = "grey", plot.title = "log2(Fold Change) of Gene2 in TCGA", legend.text.size = 14, legend.position = "left", background.circle.colour = "white", background.circle.transparency = 0.1,)用AI修饰一下
大家如果想到雷达图在我们的科研中还可以展示什么类型的数据，可以留言交流
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