MIMIC专题|傻瓜版MIMIC数据库注册指南

本文作者为学号BH70058麻醉专业的樊桂波医生和学号BH70155神经外科的张文佳医生,小黑屋训练营的模范学员~

MIMIC(Medical information Mark for Intensive Care)是麻省理工学院计算生理学实验发布的重症监护数据集,已经更新到IV-0.4版本。MIMIC数据库通过伦理考核并获得许可后可免费访问。

MIMIC数据库主要有两类基础数据:

第一类从EHR中提取的临床数据,包括患者的人口统计学特征信息、诊断信息、实验室检测信息、医学影像信息、生命体征等;

第二类数据是床旁监护设备采集的波形数据及相关生命体征和事件记录。mimic数据库几乎所有临床重症患者均有涉及,包括脓毒症、呼吸衰竭、心梗、心脏术后、新生儿、脑外术后、胰腺炎、创伤患者等。

要想获得MIMIC数据库的使用权限,必须先获取CITI program证书、在Physionet上递交申请,通过后才可下载数据,下载后的数据集是26个CSV表格,查看时需安装PostgreSQL、SQLserver、Oracle等数据库管理系统。

今天带来傻瓜版MIMIC数据库入门注册指南

只要有手就能学会

现在打开电脑 一步步开始吧

划重点:要点都在图片中

1.进入MIMIC官方网站

网址:https://mimic.physionet.org/或者百度直接搜索MIMIC

2.CITI program注册

(1)Document→Getting started→Requesting access→点击红色区域网址

同意相关协议,整个注册流程有7个界面,需要逐页填写。

注:机构名称需要填写在下一界面,需提前复制

(2)进入注册界面,个人信息填写,姓名和邮箱。

注:secondary email address为收费邮箱,没有可以不填

第3页,第4页,第5页需要完成申请者用户名、密码、国家的相关信息,有关数据库的一些提问,都选“Yes”

第6页提供麻省理工学院要求提供申请者及机构相关信息,请尽量填写真实信息

3.CITI program考试

注册完成之后开始考试流程,点击View Courses

第一门有两个模块,第二门有9个模块,整个考试需要按顺序做。内容可以先看,也可以直接参加考试。成绩达到90%以上才符合要求(注:考试可以反复参加)。完成考试获得认证报告和学习报告,报告需要下载保存。

不知道答案咋办?

第一个办法:认真看学习视频,学会后考试

第二个办法:进入考试后随心所欲选择答案,提交后会显示正确答案,记录各题答案,再重新做题

4.CITI program证书获取

考试完成后下载学习报告

左右滑动查看更多图片

以同样方法完成第二门考试,并下载学习报告。

5.Physionet注册

重新进入mimic界面,Document→Getting start→  Requesting access点击红色区域网址,进入注册界面。

填写相关信息,注册完成后出现Project Home界面,账号注册完成,进行log in。

注册成功,到登记的邮箱里激活,在弹出的页面里设置密码,激活后登陆。

6.Physionet递交申请

返回初始界面,点击红色网址区域,完成project page。

点击网址后,直接拉到最底下,点击红色区域进行认证。

申请权限界面要求完成个人信息填写,请尽量完善,否则会影响申请结果。同时认证流程需要提交认证报告(在CITI注册后的学习报告,包含各项成绩页)。

完成界面如下,周期大概一周到两周时间(提交后如发现信息错误,也可以撤销申请withdraw application,重新填写)

申请通过后就能下载数据了

关于MIMIC的注册,您学会了吗

数据如何下载?如何管理?如何提取?

本公众号会陆续推出MIMIC专题系列文章

敬请期待!!!

END

作者 | 樊桂波、张文佳

审核| 念荣 Alie

编辑| 小秋

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