TCGA肿瘤微环境数据实在也太简单了

肿瘤微环境是当前研究的一个热点，无论是国自然还是发SCI，都是比较热的点，那么，数据挖掘也不例外，很多人喜欢追随这样的热点。（肿瘤微环境是指肿瘤的发生、生长及转移与肿瘤细胞所处的内外环境有着密切关系，它不仅包括肿瘤所在组织的结构、功能和代谢，而且亦与肿瘤细胞自身的（核和胞质）内在环境有关。）TCGA数据数据可以追随这样的热点。

其实，这样的数据挖掘套路也不难，最主要的步骤就是得到下面这些数据：

也就是这三列数据：

Stromal score（基质细胞得分）

Immune score    （免疫细胞得分）

ESTIMATE score （综合分，前两列相加）

根据这些得分分为低分组和高分组，可以生存分析，同时可以结合基因的表达数据，或者甲基化数据进行分析

例如，分析Stromal score和Immune score 对预后的影响：

然后可以根据评分进行分组进行基因差异分析：

后面接着对这些差异基因进行功能分析（跟之前GEO数据挖掘是一样的）

此外，你还可以结合临床特性进行分析，或者结合临床数据进行模型预测等等。

最重要的一步就是得到这些数据：

Stromal score（基质细胞得分）

Immune score    （免疫细胞得分）

ESTIMATE score （综合分，前两列相加）