直击热点，巧用ssGSEA进行免疫浸润分析 / 开普饭

GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)这个工具可以说是分析TCGA数据库数据分析工具中比较简单好用的工具了,包括生存分析,表达差异分析,相关性分析等, ...

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID.超几何富集分析等.都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation ...

Exploration of the immune-related signature and immune infiltration analysis for breast ductal and l ...

ssGSEA顾名思义是一种特殊的GSEA,它主要针对单样本无法做GSEA而提出的一种实现方法,原理上与GSEA是类似的,不同的是GSEA需要准备表达谱文件即gct,根据表达谱文件计算每个基因的rank ...

Pan-Cancer Analysis of Radiotherapy Benefits and Immune Infiltration in Multiple Human Cancers 多种人类癌 ...

Lung metastases share common immune features regardless of primary tumor origin 肺转移瘤具有共同的免疫特征,无论其原发肿 ...

实体瘤肿瘤特异性免疫预后特征及其与免疫检查点治疗的关系首先让我们通过摘要了解下这篇文章的主要内容,为了阐明免疫细胞浸润作为实体肿瘤预后标志的作用,作者分析了四个公开的单细胞RNA-Seq数据集和TC ...

LAG3 (LAG-3, CD223) DNA methylation correlates with LAG3 expression by tumor and immune cells, immun ...

A lncRNA prognostic signature associated with immune infiltration and tumour mutation burden in brea ...

关于免疫浸润分析,可谓是最近一段时间的热点,很多文章基于肿瘤免疫细胞微环境进行分析,不管是进行下游基因筛选也好,还是构建诊断模型也好,发表了很多相关的研究.在前面关于<>中,我们讲解了免疫 ...

整理这几天看的文献的重要信息.1. 去卷积方法CIBERSORTCIBERSORT是2015年在Nature Methods发表的一个方法,现在被引量为84,其方法摘要为:a method for c ...

关于TCGA表达数据的分析.之前我们我们介绍过.目前可能用的最多的也就是GEPIA了.之前在GEPIA2发表的时候(GEPIA I, GEPIA II),我们对这个数据库进行了介绍.最近.GEPIA的 ...

以前一直用经典的MCP法分免疫浸润总感觉不好上篇文章上也写过这次用肠癌单细胞6万多的细胞的特异性基因,特异性基因我是一个一个看的,我选的标准是logfc大于1,而且如果是肿瘤细胞的特异性基因,那 ...

[科研绘图需求点我][付费精品合集][SEER点我] [R语言统计系列推文点我] 很久没有做免疫浸润的分析了,转眼间,两大主流免疫浸润工具都发布了2.0版本,CIERSORT更新为CIERSORTx, ...

Profiles of immune‐related genes and immune cell infiltration in the tumor microenvironment of diffu ...

TIMER是交互式web工具,能够全面.灵活地分析肿瘤浸润免疫细胞并可视化,采用反褶积方法从TCGA中不同癌症类型样本的基因表达谱中推断肿瘤浸润免疫细胞(B细胞.CD4+T细胞.CD8+T细胞. ...

怎样才能不做实验,不用R语言,还能发3分+SCI? 今天介绍几个可以用得上的数据库,只利用数据库中的数据进行分析,甚至不用R,利用在线分析工具,敲敲电脑就能解决急需发文章,没时间做实验,没有科研经费的 ...

免疫浸润评估大致过程对于RNA-seq的数据,之前我们的分析方法只是局限于单个基因之间的整合分析,最多也就是做一下富集这样的聚类分析.前段时间随着肿瘤免疫的热度,也有人试着开始利用RNA-seq这样 ...

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