Nature子刊 | 上海巴斯德研究所—广州妇儿中心合作：揭示与儿童呼吸道感染相关的呼吸道病毒和血清细胞因子的变化
推荐：江舜尧
编译：李鸥
编辑：董小橙
中科院上海巴斯德研究所—广州市妇女儿童医疗中心感染与免疫联合研究中心张驰宇和中科院上海巴斯德研究所王建华等人于2019年5月23日在Nature子刊《Nature Communications》发表题目为《Altered respiratory virome and serum cytokine profile associated with recurrent respiratory tract infections in children》的文章，该研究揭示随着时间的推移，呼吸道微生物的稳态和特定的细胞因子与多次急性呼吸道感染的发生有关。
文章摘要
研究背景：复发性急性呼吸道感染（ARTIs）影响大量人群，但具体的决定因素尚不清楚。
方法：本文在6年的时间里，研究了4407名诊断为ARTI的儿童，比较了多次发生ARTI和单次发生ARTI相关的呼吸道病毒和血清细胞因子。
结果：与单发ARTI组相比，多发ARTI组中丙酸杆菌噬菌体的相对丰度显著提高。与单发ARTI组及无ARTI对照组相比，多发ARTI组的血清TIMP-1和PDGF-BB水平显著升高，使这两种细胞因子成为多发ARTI的潜在预测因子。丙酸杆菌噬菌体的存在与较高水平的TIMP-1和PDGF-BB有关。受试者工作特征（ROC）曲线分析表明，TIMP-1、PDGF-BB和丙酸杆菌噬菌体联合应用可作为多发ARTIs的强预测因子。
结论：本文研究结果表明，随着时间的推移，呼吸道微生物的稳态和特定的细胞因子与多次ARTIs的发生有关。
文中重要图片说明
图1 | 研究设计流程图。从2009-2015年期间，从4407名儿童中选择了多发或单发的ARTIs儿童。分别从多发ARTIs和单发ARTIs儿童中采集了164和48个拭子进行呼吸道病毒组分析。免疫学测定分别纳入159例(剔除5例无足够量血清)、48例多发及单发ARTIs患儿血清以及20例非ARTI健康儿童血清。
图2 | 单发或多发ARTIs患儿呼吸系统病毒组特征。通过fisher精确检验比较了常见呼吸道病毒（a）、致病性呼吸道病毒（不包括持久性DNA病毒、疱疹病毒、多瘤病毒、乳头状瘤病毒、C种腺病毒和腺相关病毒）（d）和无瘤病毒（g）的检出率和共检出率。采用非参数Kruskal-Wallis检验校正法对病毒α多样性（Shannon多样性指数）进行分析，并用Dunn’s多重比较法对呼吸道常见病毒（b）、致病性呼吸道病毒（e）和anelloviruses病毒（h）进行比较。
图3 | ARIS患儿真核病毒检出率。基于宏基因组测序的ARTIs患儿呼吸道病毒(a)和anelloviruses病毒(b)检出率。用基于聚合酶链反应的分析方法，比较4种最常见的致病菌呼吸道病毒（HRV、HEV、IFV和RSV）（c）和3种主要的anelloviruses病毒（TTV、TTMV和TTMDV）（d）在单发ARTI（蓝色）和多发ARTIs儿童（红色）中的检出率比较。除了前三种最丰富的病毒（HRV、HEV、IFV）外，RSV也被列为对照，因为它是生命早期下呼吸道感染的主要原因之一，并且在生命后期与复发性哮喘有关。
图4 | 单发ARTI和多发ARTIs噬菌体谱的比较。噬菌体群落特征显示为相对丰度的热图，包括30个最常见的噬菌体类群，根据它们的细菌宿主分类，并按ARTI发作分组。根据归一化读取数的比例计算相对丰度。颜色渐变键显示丰度百分比。
图5 | 不同组细胞因子水平与细菌噬菌体的关系。（a，b）对单发和多发ARTIs患儿血清TIMP-1和PDGF-BB水平采用非参数Kruskal-Wallis检验校正，并用Dunn方法进行多重比较分析。（c，d）用Mann-Whitney U检验比较丙酸杆菌噬菌体阳性和阴性儿童的TIMP-1和PDGF-BB水平。（e，f）采用Mann-Whitney U检验比较乳酸菌噬菌体阳性和阴性儿童的TIMP-1和PDGF-BB水平。
图6 | TIMP-1、PDGF-BB和丙酸杆菌噬菌体是多发ARTIs的预测因子。a ROC曲线比较多发ARTIs和单发ARTI。b ROC曲线比较多发ARTI和非ARTI健康对照组。
你可能还喜欢