Seurat4.0系列教程20：单细胞对象的格式转换 / 开普饭

简介Seurat是一个r包,被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析.Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源,同时提供整合不同类型的单细胞数据的函数.目前Seur ...

摘自:xuzhougeng https://www.jianshu.com/p/cf7a7341b0b6 目前该软件只支持Mouse和Human,不支持其他物种,因此不是这两个物种的小伙伴可以不用看了 ...

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

时代的洪流奔涌而至,单细胞技术也从旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家.雪崩的时候,没有一片雪花是无辜的,你我也从素不相识,到被一起卷入单细胞天地.R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代,天问一 ...

在此,我们将合并两个 10X PBMC 数据集:一个包含 4K 细胞,一个包含 8K 细胞.数据集可以在这里[1]找到. 首先,我们在数据中读入并创建两个Seurat对象. library(Seura ...

scRNA-seq整合简介对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战.特别是,在标准工作流下,识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题.Seurat v4 包括一组方法,以匹配(或&qu ...

此文演示了一些与 Seurat 对象交互的功能.为了演示,我们将使用在第一个教程中创建的 2,700 个 PBMC 对象.为了模拟我们有两个复制的情景,我们将随机分配每个集群中一半的细胞自" ...

Seurat 标准流程标准 Seurat 工作流采用原始的单细胞表达数据,旨在数据中查找clusters.此过程包括数据标准化和高变基因选择.数据归一化.高变基因的PCA.共享近邻图形的构建以及使用 ...

我们将使用之前从 2,700个 PBMC 教程中计算的 Seurat 对象在演示可视化技术.您可以从这里[1]下载此数据集 SeuratData::InstallData("pbmc3k& ...

此教程展示了如何通过基于传统细胞周期相关marker计算细胞周期得分,并在预处理过程中将这些分数从数据中回归,以消除 scRNA-seq 数据中细胞周期异质性的影响.我们在小鼠造血祖细胞数据集上证明了 ...

我们使用通过SeuratData[1]包提供的 2,700个 PBMC 来演示. 加载数据 library(Seurat) library(SeuratData) pbmc <- LoadDat ...

加载数据此教程演示了如何存储和与Seurat 中的降维信息进行交互.为了演示,我们将使用SeuratData[1]包提供的 2,700 个 PBMC 对象. library(Seurat) libr ...

Seurat4.0系列教程20：单细胞对象的格式转换