细胞亚群注释神器SingleR把它的参考数据库放在了celldex包 / 开普饭

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,基本上跑的都是标准代码,里面很多细节参数是需要自己慢慢摸索的.保证单细胞转录组表达矩阵质量ok啦,而且需要去除了各种混杂因素. 因为参数需要自己摸索 ...

前面的教程:混合到同一个10X样品里面的多个细胞系如何注释,我们提到了可以使用细胞系的表达量矩阵去跟细胞亚群表达量矩阵进行相关性计算,然后就可以判断细胞亚群的生物学意义啦.当然了,我们也给出来了一个比 ...

图谱网址:https://www.abcam.com/index.html?pageconfig=resource&rid=13007 T淋巴细胞(简称T细胞,胸腺依赖性淋巴细胞,T即来源于胸 ...

编译:艾奥里亚,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读霍奇金淋巴瘤(HL)的特点是该肿瘤微环境(TME)主要由不同类型非癌性免疫细胞和罕见的恶性细胞所主导.细胞成分及其空间关系的表征对 ...

含有长双歧杆菌的益生菌Bifidus BB536 (BB536),与培养的香菇菌丝体(AHCC®,Amino Up Co. Ltd., Sapporo, Japan)的标准提取物一起被证明具有增强的益 ...

在单细胞水平探究肝癌免疫微环境研究最早而且出名的就是北大张泽明教授团队发表在Cell. 2017 Jun 的文章:Landscape of Infiltrating T Cells in Liver ...

单细胞转录组技术毫无疑问是目前科研界的"当红炸子鸡",但绝大部分人使用单细胞转录组的数据其实就当做是了流式细胞仪看不同细胞亚群组成的比例而已.这也就是为什么绝大部分单细胞转录组分析 ...

细胞亚群注释神器SingleR把它的参考数据库放在了celldex包