不一定需要多位点取样才能看肿瘤内部异质性
前面我们介绍了大量探索肿瘤内部异质性的文献:
但都不是真正的技术水平的肿瘤内部异质性,只不过是算法水平的,实际上主要是利用多位点取样的方式结合NGS技术,因为超高深度测序检测异质性的算法复杂,而且单细胞水平的检测技术并不常规,所以目前是多位点取样方案最流行。
肿瘤异质性可粗略地分为
时间异质性
空间异质性
多位点取样方案就是为了探索空间异质性 , 常表现为下述三种情况:
①在未扩增的细胞背景中有成簇扩增细胞;
②少量扩增背景中有未扩增的细胞;
③孤立的细胞扩增。
但是并不一定要进行多位点取样,最近看到2018年6月发在 Bladder Cancer 杂志的文章:Low Frequency of Intratumor Heterogeneity in Bladder Cancer Tissue Microarrays
重点是:tissue microarrays (TMAs) 技术,关注 immunohistochemistry (IHC) 结果,包括 11 个markers:CK5, Cyclin D1, E-Cadherin, EGFR, FGFR, GATA3, HER2, p16, p63, P-Cadherin and RB1

总共是:A total number of 1024 tumors were re-evaluated for all 11 IHC markers

因为其取样区域比较大,所以虽然是一个区域,同样也是可以计算其区域内部空间异质性的,因为其保留了空间信息,但是超高深度测序就不一样了。
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