Seurat包的findmarkers函数只能根据划分好的亚群进行差异分析吗

相关推荐

• 单细胞工具箱|Seurat官网标准流程

  学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

• Seurat包里面的Read10X_h5函数介绍

  本人做肺纤维化研究,近期在Science Advance 上连续发了两篇单细胞文章,所以计划根据单细胞天地胶质瘤的单细胞CNS复现系列推文,复现一下. 本文使用的是题目为Senescence of A ...

• GEOquery包的getGEO函数总是无法下载肿么办

  在生信技能树我发布的GEO数据库挖掘教程也有不少了:目录: 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 GSEA分析一文就够(单机版 ...

• 为什么你画的Seurat包PCA图与别人的方向不一致？

  学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是转录组讲师实战单细胞的投稿 事情是这个样子的,老板扔给我一篇<单细胞数据挖掘>文献要我重复这个文章中的结果,然后,就然后 ...

• 你以为我发现Seurat包PCA图与别人的方向不一致挖到C/C++就完了么？

  学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是转录组讲师在实战单细胞数据分析的投稿 事情前提回顾:为什么你画的Seurat包PCA图与别人的方向不一致? 发现了是随机种子后,你难 ...

• 使用scran包的cyclone函数进行单细胞转录组的细胞周期状态推断

  多次在CNS文章里面看到:Gene sets reflecting five phases of the HeLa cell cycle (G1/S, S, G2/M, M and M/G1) wer ...

• 用Seurat包分析文章数据（二）

  序 第三单元第十讲:使用Seurat包 载入数据,创建对象 1rm(list = ls())  2Sys.setenv(R_MAX_NUM_DLLS=999) 3## 首先载入文章的数据 4load( ...

• Seurat包基本分析实战—文献图表复现

  一.背景知识 文献:https://www.aging-us.com/article/103695/text GSE:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/ac ...

• 单细胞数据Seurat包的tSNE三维可视化

  Seurat是目前单细胞数据分析最常用的软件之一,本文介绍下如何在Seurat里做三维的tsne计算以及进行可视化展示. 1.三维坐标计算: 这里假设单细胞数据已经从counts matrix 走到了 ...

• 反包，只能涨停！！

  市场整体回暖. 昨天就跟你们说了,这里再回调一下,不至于那么悲观了. 早盘盯了半天,也没看到有什么很好的开仓机会,早上强顶的几个,感觉追高性价比都挺一般的. 医美.白酒.钛白粉,都不是什么新东西,医美 ...