汇总 | 转录本表达矩阵到基因表达矩阵 / 开普饭

前些天我发现了乳腺癌领域的PAM50算法原理探索,在:PAM50的概念及分子分型算法原理 ,其实并不难,然后我注意到他们在挑选50个基因的时候,提到了多个探针对应同一个基因到底该如何取舍原文是:F ...

软件安装安装bioconda: 去官网下载和自己电脑系统一样的版本 https://conda.io/miniconda.html 下载完后,双击解压,然后cd 到文件目录,开始安装. # 安装 b ...

昨天我们GEO数据库的检索方式.但是对于里面的每一个数据集内容没有详细的解释,这次呢,我们就来介绍一下每个数据集里面包括哪些内容. 这次我们用GSE79973数据集进行介绍.(https://www. ...

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 教程目录如下: 上游分析流程课题多少个样品,测序数据量如何过滤不合格细胞和基因( ...

在做表达矩阵的counts值作为RPKM的时候发现的这个知识点细节问题, 因为矩阵需要每一个样本除以它各自的文库大小,然后呢,每个基因又需要除以各自的基因长度. 所以呢,我们的表达矩阵,其实是需要除以 ...

最近学员群又有人问到了 Agilent-012391 Whole Human Genome Oligo Microarray G4112A 这样的芯片数据,我让学生打包数据成为rdata发给我,我检查 ...

featureCounts我们粉丝都耳熟能详了,我们转录组流程介绍的对比对后的bam文件基于基因注释文件定量的首选软件,用法非常简单,关键是速度飞快,吊打htseq-counts几条街,而用DEXSe ...

有学员提问, 为什么他看到了一个基因,如下所示,居然有两个id,看起来就非常的诡异,让他百思不得其解. 一个基因有两个id 其实这个基因首先是有一个基因名字,是 MATR3 ,是人类基因命名委员会给出 ...

作者:Jacobian 链接: http://jacoxu.com/jacobian%E7%9F%A9%E9%98%B5%E5%92%8Chessian%E7%9F%A9%E9%98%B5/ 编辑:石 ...

最近公众号组织了ORB-SLAM2理论与代码的学习会,正常进行中,有兴趣的可以积极参与第三期:一起来学SLAM 其中ORB-SLAM点云地图中相机的位姿初始化,无论算法工作在平面场景,还是非平面场景下 ...

为什么要做这个计算大家都知道在真核生物里面,一个基因有多个转录本,每个转录组又是由不同的外显子组合而成,以前老旧的RNA-seq分析流程比较喜欢用RPKM值来量化表达量.大家很容易可以搜索到RPKM ...

如果是简单的转换问题,我们的生信技能树: 生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来里面详细讲解了这个操作:http://www.biotrainee.com/thread-603-1-1.h ...

您好! Καλώς ήρθατε! 欢迎来到"希游记朗读营". 让我们静下来学习希腊语. 在希游记之旅上你我结伴同行. Πάμε!

ggplot可视化矩阵可视化谱图案例 library(dplyr) library(ggplot2) # The most common use for rectangles is to draw ...

福彩快乐8有10种玩法,一共39种奖级,是目前彩票游戏中奖级最多,容错率最高,也是中奖最容易的游戏,受到了越来越多彩民的青睐.其中选十玩法奖金最高,中10个号码最高可中500万,完全不输双色球和大乐透 ...

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摘要: 大维度矩阵乘法常采用子矩阵分块法实现,子矩阵的最大规模决定了整个矩阵乘法执行速度.针对经典脉动结构直接处理的矩阵规模受IO带宽限制严重的问题,提出了一种极低IO带宽需求的大维度矩阵链式乘法器结 ...

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