技术贴 | 微生太宏基因组报告解读 | 第十二篇：功能分析-基于抗性基因CARD数据库 / 开普饭

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读所谓宏基因组学 (或元基因组学, metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象 ...

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

论文信息论文题目:Source tracking of antibiotic resistance genes in the environment - Challenges, progress, ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 ENZYME收录了7大类酶的四级分类信息.EC编号或EC号是酶学委员会(Enzyme Commission)为酶所制 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 EggNOG数据库收集了COG(Clusters of Orthologous Groups of proteins ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 MetaCyc数据库是一个通过实验手段阐释代谢通路的数据库.MetaCyc目标是收集所有已知生命的代谢通路.Meta ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 GO(gene ontology)数据库是基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 KEGG 数据库由Kanehisa Laboratories于1995年推出,现在已经发展成为一个综合性数据库.KE ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读环境样品中的微生物物种种类多,培养难度大,而且很多是功能未知的微生物,因此与一般的动植物组学相比,微生物组学研究难度 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本篇内容分为以下三块:(1)NMDS和PCoA分析:上一篇的多样性分析中介绍了利用QIIME2进行PCoA分析研究菌 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读利用Kraken2联合Bracken的方法能快速.准确的从宏基因组测序数据中获取物种的注释和丰度信息(详见第二篇), ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读为了研究样品物种组成及多样性信息,我们用Kraken2对所有样品的全部的有效序列进行注释分类.Kraken2是基于K ...

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