技术贴 | 微生太宏基因组报告解读 | 第七篇：功能分析-基于GO数据库 / 开普饭

对宏基因组测序后的数据进行抗生素耐药性基因组的注释与分析,逐渐成为一条必经之路.过去,人们需要自己下载相关数据库再用比对工具进行比对,然后去冗余,再进行下游分析.这通常需要学习编程并熟练应用,对于一些 ...

论文信息论文题目:Source tracking of antibiotic resistance genes in the environment - Challenges, progress, ...

病毒是地球上数量最多的生物实体,其中细菌病毒(即噬菌体)约有1031个类群,从海洋到陆地再到人体几乎都是它们的栖息地.研究者将病毒视为调节人类生态系统的重要成员,人体内主要包括真核病毒和噬菌体,包括双 ...

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读所谓宏基因组学 (或元基因组学, metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 ENZYME收录了7大类酶的四级分类信息.EC编号或EC号是酶学委员会(Enzyme Commission)为酶所制 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 MetaCyc数据库是一个通过实验手段阐释代谢通路的数据库.MetaCyc目标是收集所有已知生命的代谢通路.Meta ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 KEGG 数据库由Kanehisa Laboratories于1995年推出,现在已经发展成为一个综合性数据库.KE ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读环境样品中的微生物物种种类多,培养难度大,而且很多是功能未知的微生物,因此与一般的动植物组学相比,微生物组学研究难度 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本篇内容分为以下三块:(1)NMDS和PCoA分析:上一篇的多样性分析中介绍了利用QIIME2进行PCoA分析研究菌 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读利用Kraken2联合Bracken的方法能快速.准确的从宏基因组测序数据中获取物种的注释和丰度信息(详见第二篇), ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读细菌抗生素耐药性是在人类为控制细菌生长而进行的大规模抗生素的使用的前提下, 细菌通过基因突变或者从环境有机体的基因水 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 EggNOG数据库收集了COG(Clusters of Orthologous Groups of proteins ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读为了研究样品物种组成及多样性信息,我们用Kraken2对所有样品的全部的有效序列进行注释分类.Kraken2是基于K ...

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