安装GitHub的R包困难解决方案

相信遇到这样的问题的朋友不在少数,在中国大陆做数据分析,下载软件数据文件遇到困难那是家常便饭。

比如安装GitHub的R包,因为并不是所有的R包都会被正式的发布在CRAN或者bioconductor,所以对于简简单单分享在GitHub的R包一般我们搜索到如下代码:

library(devtools)
# https://github.com/jasdumas/shinyGEO 
install_github("jasdumas/shinyGEO")
if(!requireNamespace("ThreeDRNAseq", quietly = TRUE))
  devtools::install_github('wyguo/ThreeDRNAseq')

一切看起来那么美好

函数下载困难就浏览器下载

实际上,在很多地方,上面这样的代码,都只能是永无休止的等待,甚至是如下所示的错误:

image-20191120214502005

其实还可以先下载GitHub的这个R包的项目文件:

image-20191120212157848

当然了,你可能需要找一个网速稍微好一点的下载渠道,如下所示:

image-20191121170459162

然后再本地安装,这个时候install_github函数可能是有问题的啦,所以需要谷歌搜索,考验大家搜索能力的时候到了,主要是关键词寻找:install github local r package 一般来说,程序员之友论坛就会是答案:https://stackoverflow.com/questions/17366772/install-r-packages-from-github-downloading-master-zip

devtools::install('github/ThreeDRNAseq/')

一般来说,就会成功:

image-20191121222747036

另外一个小技巧

实际上,非常多的时候,我们只是记住了R包的名字,而不知道作者,所以下载的时候给出作者+R包名字有点困难,一个 githubinstall 可以根据R包名字帮你联想,just like install.packages().

library(githubinstall)
githubinstall("AnomalyDetection")
Suggestion:
 - twitter/AnomalyDetection  Anomaly Detection with R
Do you want to install the package (Y/n)?  

githubinstall() suggests GitHub repositories from input package names and asks whether you install it.

当然了,我觉得没啥意思,我通常是连R包都不记得名字,就是复制粘贴嘛!

不过,这个包自己当然是不仅仅这么一点功能啦,感兴趣的可以去看看:https://cran.r-project.org/web/packages/githubinstall/vignettes/githubinstall.html

最后友情宣传生信技能树

(0)

相关推荐

  • AnnoProbe包安装

    #AnnoProbe包安装 install.packages('devtools') library(devtools) install_github("jmzeng1314/AnnoPro ...

  • 【R分享|实战】 新手福利~R包的安装与使用

    " 也许那是过去的你,你无法改变,但现在的你能够变得强大."   --科白君 "R实战"专题·第2篇   编辑 | 科白维尼   4445字 | 7分钟阅读 本 ...

  • 学习单细胞转录组测序之前,先把这些包安装好

    单细胞转录组测序很热,想必很多人都想学习一下.因为大家都喜欢热点,热点好搞基金,更好发文章,这是科研圈的共识.既然这么热,我们就从安装R包开始.这些包还是挺多的,包安装不好,后面的分析就没有办法做了呀 ...

  • 玩转R包

    很长一段时间,总是被安装一些包所绊住,或许今天也是.往往小阴沟就会翻船.死都不敢相信自己是这么死的.R包就是众多坑沟中的臭名昭著的一个.版本不对,依赖不存在,各种问题简直让一个有强迫症的患者生不如死. ...

  • R包的安装与更新

    一.R包的安装 0. 设置镜像 R和bioconductor的主服务器都在国外,设置镜像加快下载速度. ## ====修改镜像====options(repos=c(CRAN="https: ...

  • 花样热图- ggmatrix

    wentao 2019/12/29 这是厚哥今天新出炉的热乎的产品,我进行了测试,大家也来做一个尝试 厚缊 业余的R语言可视化重度患者个人博客:houyun.xyz邮箱:houyunhuang@163 ...

  • 找不到包,或R版本太新的问题

    "package 'tswge' is not available (for R version xxx)" install.packages('tswge', repos=&qu ...

  • 这些新开发的R包尝起来确实鲜

    写在前面 翻了翻最近一年来cran上的R包,找了一些对我们很有用的,让当然看不完,进行了简单的了解,这里送给大家,看看是否可以帮助自己做好数据呢? ClinReport 提供输出wrd格式的表格,这个 ...

  • 【R语言学习3】R语言程序包来源与使用方法简介

    【R语言学习3】R语言程序包来源与使用方法简介

  • R包终极解决方案

    写在前面: 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中,我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性. 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情.学习R语言必然会安装各种各样的包,很多人在这 ...

  • GitHub的R包毕竟没那么可靠,你要学会自己解决报错

    最近又需要使用一个肿瘤外显子看cnv的R包,根据全局的vcf文件,就是FACETS,发表该包的文章是:FACETS: allele-specific copy number and clonal - ...

  • 一波三折终于安装上了托管在GitHub的几百M的R包

    我们的学习班非常固定,就是生物信息学入门,传授基于Linux的NGS数据处理技巧,以及基于R语言的统计可视化. 好像很久没有发布学员笔记了,可能是因为自己写教程写的太勤奋了吧,不过确实也需要偶尔给其他 ...

  • R包安装大全-番外篇一

    SingleCellExperiment是单细胞转录组数据的基础包,大部分其它单细胞转录组数据处理的包都依赖于它,就跟芯片数据里面的ExpressionSet对象一样,需要拼了命的理解透,才有可能做好 ...

  • 史上最贴心R包安装示范视频

    知识诅咒想必大家都不陌生,如果读者还不清楚,我摘抄一段: 知识诅咒 1990年,伊丽莎白·牛顿在斯坦福大学通过研究一个简单的游戏获得了心理学博士学位.在这个游戏中,她把参与者分为两种角色:" ...

  • 在Ubuntu下安装单细胞3大R包

    查看Ubuntu系统以及R版本 cat /etc/issue 通常来说,很多R包的安装对R版本是有要求的,比如BiocManager需要 R (≥ 3.5.0),但是并不需要最新版R语言. R到3.5 ...

  • 批量安装R包小技巧大放送

    我们周末班准备工作给的安装R包 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html 是一个个R包慢慢安装,主要是考虑到初学者不理解循环这样的编程概念,但实际上要批量安装 ...

  • 不知道为什么MAC安装R包时候总是出现gfortran错误

    前面其实我提到过一次:明明解决了gfortran问题但是仍然安装WGCNA失败,也是同样的报错,这次又出现了,但是我又是以另外一种方式解决了!很神奇 最近使用The Chip Analysis Met ...

  • BiocManager无法安装R包

    每次开展R语言线下学习班,都需要重新发几次:Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢 ,虽然大部分同学都是可以根据我们的教程顺利解决问题,但是不幸的人各有各的不幸.一般来说就是Windows ...