如何下载生物数据(三):GATK数据下载
相关推荐
-
一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程
echo "START" 大家好,我是熊猫. 事情是这样的,前些天我在朋友圈发了一张图片: Snakemake展现gatk4生成正常样本的germline突变数据库流程图 这是使用 ...
-
Anaconda is a snake.
我以前的教程都不改环境变量 我的软件通常是这样安装的: ## https://github.com/najoshi/sickle cd ~/biosoft mkdir sickle && ...
-
4 比对到参考基因组输出bam文件
进到align目录 对质量好的测序数据进行比对 1. 一个个比对,生成BAM文件 align目录 sample=SRR7696207 bwa mem -t 2 -R "@RG\tID:$sa ...
-
最新最全的mutect2教程
GATK的Mutect2流程一直在变动,主要是GATK本身也更新频率有点高,所以基本上大家看到的教程很快就过时了,follow起来都是错误连连.现在这个教程的时间是:2020-09-22 (只能保证说 ...
-
把含有多样本的vcf文件拆分
参考:https://www.biostars.org/p/224702/ 非常多已经造好的轮子可以完成,包括bcftools,vcftools,还有大名鼎鼎的GATK,随便举例如下: module ...
-
肿瘤全外显子测序数据分析流程大放送
这个一个肿瘤外显子项目的文章发表并且公布的公共数据,我这里给出全套分析流程代码.只需要你肯实践,就可以运行成功. PS:有些后起之秀自己运营公众号或者博客喜欢批评我们这些老人,一味的堆砌代码不给解释, ...
-
GATK4的mutect2流程
往期GATK4教程目录: GATK4的gvcf流程 你以为的可能不是你以为的 新鲜出炉的GATK4培训教材全套PPT,赶快下载学习吧 曾老湿最新私已:GATK4实战教程 GATK4的CNV流程-hg3 ...
-
明码标价之WES等DNA测序数据找变异
最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下某肿瘤队列文献的数据,需要下载几个T的fq数据走比对流程,然后找SNV和CNV等变异. 因为他的课题是保密的,我这里不方便提 ...
-
【直播】我的基因组24:用GATK对SAM格式的文件进行重排
GATK教程我以前写过(GATK使用注意事项:http://www.bio-info-trainee.com/838.html) 这个步骤分成2个小步骤: 首先用RealignerTargetCrea ...
-
2018年全国POI数据哪里下载?北京大学开放研究数据平台
2018年全国POI数据哪里下载?北京大学开放研究数据平台
-
常用免费DEM数据汇总(含下载使用方法)
本篇文章介绍几个免费的DEM,分辨率有1km.90m.30m.12.5m,不是说分辨率越高越好,这得看应用场景的每个数据还是分数据简介.网站链接.下载方法.使用方法4个方面说明 一.全球海陆数据库1. ...
-
大数据神器Kylin驱动下载、使用方法及异常处理 | PBI实战技能
- 1 - 不久前,在文章<这几个大厂数据库驱动,赶紧收藏.下载!| PBI实战必备>里,给了SAP BW.IBM DB2.mysql odbc.Oracle以及Kylin ODBC的数据 ...
-
解读GEO数据存放规律及下载,一文就够
做生物信息学分析的朋友应该是对GEO数据库耳熟能详了,总会用到公共数据库的,而GEO数据库则是首选,起先只是为表达芯片数据准备的,后期纳入了各种NGS组学数据,文章里面会给出数据地址,GSE ID号, ...
-
30G的芯片数据还可以使用VPS下载
简介 入门生物信息学我们首先需要有可分析数据,才能进行后续操作.但目前国内网络环境的限制,使得我们很难畅快地从各大数据库下载数据.今天就为大家推荐一种简单快捷的下载方式--使用VPS下载,再使用Fil ...
-
【福利】某电动汽车车身数据领取(免费下载)
汽车车身结构主要包括:车身壳体.车门.车窗.车前钣制件.车身内外装饰件和车身附件.座椅以及通风.暖气.冷气.空气调节装置等等 .车身有承载式和非承载式,通过所讲的车身大部分是指车身骨架,即不包括四门两 ...
-
附下载 l上海市发布《数据中心能耗在线监测技术规范(征求意见稿)》
上海市场监督管理局1月20日发布关于对上海市地方标准<数据中心能耗在线监测技术规范(征求意见稿)>公开征求意见的通知 通知称,根据<地方标准管理办法>(国家市场监管总局第26号 ...
-
热点透视 | 2020年央视《新闻联播》数据报告——大数据里的高考热点【免费下载】
热点透视 | 2020年央视《新闻联播》数据报告——大数据里的高考热点【免费下载】
-
一文读尽:数据趋势、数据治理、数据架构、数据中台、云数据库、数据安全(附下载链接)
前言 一 数据趋势篇 ❖ 单模型 => 多模型 => 多模 从最早的层次模型.网状模型,发展到关系模型.后者长期占据数据的模型的主导地位,直到今天仍然如此.关系模型所带来的数据表述方式结合 ...
