4 比对到参考基因组输出bam文件 / 开普饭

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下他自己领域的一个文章的转录组测序数据.因为那个文章并没有提供表达量矩阵,不过万幸的是人家上传了原始测序数据. 因为他的课题是 ...

前些天我在生信技能树提出来了一个转录组数据分析的疑难杂症:RNA-seq的fastq文件里面为什么有gc含量的双峰,就是fastq测序数据质量控制的时候发现了GC含量的双峰,然后我简单分析了那些高重复 ...

前面我们说到过可以用软件或者自己写脚本从已经比对到参考基因组的sam/bam格式文件提取出原始的测序fastq文件. 但是我在IGV里面检查bam文件的时候发现了一些难以理解的现象,所以趁这个机会把它 ...

bowtie2 语法很重要!!!! Usage: bowtie2 [options]* -x <index> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r ...

rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切使用SGSeq探索可变剪切用DEXSeq分析可变 ...

前些日子我们<生信技能树>的工程师做了一个ATAC-seq的项目,给客户汇报结果的时候,照例提供了全套代码.不过这次是从fq文件开始,所以大量代码都是在Linux平台的命令行而已,虽然给了 ...

前面我们扯到bam文件的各种操作,vcf文件的各种操作,基础知识不牢固的同学可能已经云里雾里了.这次我们来讲一个简单的.就是拿到了fastq的测序数据,如何把全基因组分析给跑一遍.(不谈细节!) 首先 ...

NGS数据分析实践:06. 数据预处理 - 序列比对+PCR重复标记+Indel区域重比对+碱基质量重校正目录 1. 序列比对 1.1 参考基因组建索引 1.2 序列比对 2. 排序 3. PCR重 ...

前面我们介绍了一系列的LncRNA鉴定相关文献的案例精选: 4个发育时间点的总共12个鸡转录组测序样本的长非编码RNA的鉴定 59匹马的8个组织的长非编码RNA的鉴定 9个组织的37个样本的大豆的长非 ...

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下某肿瘤队列文献的数据,需要下载几个T的fq数据走比对流程,然后找SNV和CNV等变异. 因为他的课题是保密的,我这里不方便提 ...

很简单的一个shell脚本,从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列,写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件,然后用bwa软件比对到X染色体,作为参考基因组. 全部代码如下: ...

很久以前,我其实就遇到过通过NGS测序数据来判定性别的难题(搜索我博客即可查看详情),本次探究自己的基因组得到的统计结果与常识不符,所以我可以肯定是我们的常识太浅显了. [直播]我的基因组48:我可能 ...

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