从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程 / 开普饭

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写在前面最近主要忙一些植物群体基因组数据的项目.前面提过,赶时间,全基因组的 SNP Calling 使用 GATK 流程,还是需要跑上两三天.但这个还是耗时,并不一定能够赶上工期.于是我将目标转移 ...

DNA甲基化是一种非常基础且重要的表观修饰,在调控基因表达.转录因子结合和抑制转座子元件中起到关键的作用. 目前,DNA甲基化检测的技术已经比较成熟,例如高通量的WGBS.RRBS.MeDIP-seq ...

任务学习了解各个reads计数,及标准化的原理,如RPKM/FPKM/TPM的统计学原理: 了解reads计数的各个软件,用入门的htseq-count软件对每个样本内生成关于表达量的文件: 用脚本 ...

原贴来自于生信技能树论坛: http://www.biotrainee.com/thread-806-1-1.html把fasta序列读入到R里面去~ fasta是什么,我就不多说了! 你一定会遇到这 ...

前面我在生信技能树的推文教程:通过IMGT数据库认知免疫组库提到了它是目前免疫组库相关fasta序列整理的最齐全的.(因为被黑粉举报,所以我们公众号时隔半个月才能继续发原创,让大家久等了) 真的是搞 ...

写在前面我隐约记得我写过类似主题,但也并不确定.相关功能,我并不写使用说明的冲动,一者是这些功能至少是四五年前就有的,二者是这些功能其实比较简单,但也并不常用.然而,现在我还是决定写一篇.主要动机简 ...

编译:Mushroom,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读瘤胃是牛的主要消化器官,可以将植物性饲料分解成能量和营养物质,这是通过瘤胃微生物系统所编码的酶实现的.研究人员以43头苏 ...

https://doi.org/10.1038/s41467-021-23289-4 2021年5月24日,美国西奈山伊坎医学院冯智星等在Nature Communications发文题为Detect ...

这类情况仅仅针对于双端测序数据,因为根据实验原理来看,对一个DNA片段,会把它的左右两端分别测序,但是测序仪器的测序长度有限,对本次实验来说,打断的DNA片段长度在350个碱基左右(这个长度只是一个分 ...

其实这一讲只是把未比对到人类基因组的序列快速比对到细菌基因组,并得到各个种类的菌的占比. 在这之前我们讲的是对几亿条reads定位到指定参考基因组的具体某个坐标,那是因为我们预先知道那些reads来自 ...

在前面的直播基因组系列,我们讲解过那些比对不少我们人类的参考基因组序列的数据,其实可以细致的进行探究.直播]我的基因组(十五):提取未比对的测序数据这里主要参考这篇文章的图4:http://www.n ...

选择在GEO官网的GPL平台下载 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL21827 rm(list = ls()) ## 魔 ...

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程