下载所有芯片探针序列并且写成fasta文件 / 开普饭

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

#1. GEO数据的下载 ##1.1 方法一:下载RAW Data数据 ##1.2 方法二:下载series Matrix表达数据 rt <- read.table("GSE56814 ...

写在前面我隐约记得我写过类似主题,但也并不确定.相关功能,我并不写使用说明的冲动,一者是这些功能至少是四五年前就有的,二者是这些功能其实比较简单,但也并不常用.然而,现在我还是决定写一篇.主要动机简 ...

写在前面我们在处理GEO芯片数据的时候,经常会碰到芯片的数据的注释文件没有提供基因名,只有基因的序列.替代的解决办法就是对所有的注释数据来进行批量的blast,利用注释文件提供的序列来通过blast ...

这是我第二次在标题上写重磅!价值一千元的代码,虽然下面的技能或者说代码对我来说是非常简单啦,但是在有需求的粉丝看来真正的价值不可估量. 第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000 ...

第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是:(重磅!价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧,怕粉丝看不懂,我 ...

今天去北京给一家汽车公司做流程培训,正好在飞机上抽时间写篇文章.最近比较忙,又拉下不少功课. 今天写个比较轻松的小议题.正好,下午在深圳和客户开研讨会的时候,有部门提到一个问题"啥情况下才有 ...

赵孟頫笔下的第一楷书!63岁写成,被誉为"古劲绝伦" 2020-11-30 18:13:23 来源: 书法网书法史上的楷书四大家,都是百世流芳的千古风流人 ...

1942年农历六月,骄阳似火,陈忠实出生于陕西省西安市白鹿原北坡西蒋村,属马.他五行缺水,生出来不到半个时辰,全身便起了痱子,嘴唇暴起苞谷大燎泡,村里半仙说,他是木命.蒋村没有一个姓蒋的,据地方史专家 ...

向真理致敬[作者仅代表个人观点]向真理致敬评论:这是一篇非常好的科普文章.<黄帝内经>不是医学书籍,此书里的岐伯,毫无医学知识,是个冒充的"医生".自<黄帝内经& ...

图1. 2007年读纸版的Nature and Greeks 时,我在彭罗斯的序言旁写下了"什么意思?"的评注.14年后的2021年我感觉我明白了点什么. 图2. 陈省身著< ...

二.我们该怎样做官--忧民.忧君.忧政的为官之道范仲淹对政治文明的贡献,主要体现在一个"忧"字上.<岳阳楼记>产生于我国封建社会成熟期之宋代,作者生于忧患,长于忧患, ...

他是一位行政能力极强的政要.他的忧民,绝不像其他官僚那样空发议论,装装样子.他能将思想和具体的行动进一步上升到制度的改革,每治一地,必有创造性的惠民政策.他在西北前线积极改革用兵制度.当时因战事紧张, ...

下载所有芯片探针序列并且写成fasta文件