芯片探针序列的基因组注释 / 开普饭

任务学习了解各个reads计数,及标准化的原理,如RPKM/FPKM/TPM的统计学原理: 了解reads计数的各个软件,用入门的htseq-count软件对每个样本内生成关于表达量的文件: 用脚本 ...

[软件介绍]IGV软件的安装和基本介绍 - 目录 1. IGV 下载与安装 2. Java 安装及环境变量设置 3. IGV 基本介绍 3.1 IGV 界面布局 3.2 IGV 结果界面 3.3 序列 ...

与常规的RNA-Seq一样,10x单细胞RNA-Seq/ST-Seq也需要测序数据比对到参考基因组进行基因的定量.那么参考基因组的质量就对单细胞的分析结果有着重大的影响. 接下来小编就给大家介绍一下1 ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是:(重磅!价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧,怕粉丝看不懂,我 ...

选择在GEO官网的GPL平台下载 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL21827 rm(list = ls()) ## 魔 ...

最近在答疑群里收到一个很经典的提问,就是: 请问各位老师,GPL570芯片中应该有部分基因是LncRNA,能否通过基因重注释的方式把有意义的LncRNA筛选出来呢?R语言能否实现呢? 而且学生特别的好 ...

昨天发布了 GEO数据库中国区镜像横空出世,粉丝们都很happy,因为确实解决了他们的一个拦路虎,以后下载GEO数据再也不用去网吧了.但是部分粉丝提出了更过分的要求,说自己没有服务器,我以前的教程:( ...

GEO数据库中 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 存储着大量的来源于各种平台(Platforms)的数据: 基于Technology,又可分为以下几大类: 芯片主要以 ...

昨天发布了 GEO数据库中国区镜像横空出世,粉丝们都很happy,因为确实解决了他们的一个拦路虎,以后下载GEO数据再也不用去网吧了.然后开始接近粉丝们的第二个需求,就是探针的ID注释问题.这是一个系 ...

整合全部表达芯片平台的soft文件并且提取基因symbol和探针对应关系前面我们提到过表达芯片探针注释的3种方法,参见:第一个万能芯片探针ID注释平台R包, 并且帮助大家搞定了第一种biocondu ...

下载全部表达芯片平台的探针的碱基序列自主注释到基因ID 前面我们提到过表达芯片探针注释的3种方法,参见:第一个万能芯片探针ID注释平台R包, 并且帮助大家搞定了第一种bioconductor包的方法, ...

最近接到粉丝求助,有一篇文献写到:We found that 16 differentially expressed genes (Table 2) represented by specific p ...

芯片探针序列的基因组注释