芯片探针到基因组区段坐标的映射

相关推荐

• R语言GEO数据挖掘01-数据下载及提取表达矩阵

  欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

• 单词归类 （家庭称呼） 要有音频和文本 可以反复听

  快速入门  3颜色和动物  2身体部位1学习用品身体部分 father /'fɑ:ðə/ 父亲 mother /'mʌðə/ 母亲   dad /dæd/ 爸爸   mom /mʌm/ 妈妈 pare ...

• 芯片探针序列的基因组注释

  这是我第二次在标题上写重磅!价值一千元的代码,虽然下面的技能或者说代码对我来说是非常简单啦,但是在有需求的粉丝看来真正的价值不可估量. 第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000 ...

• GEO芯片探针注释

  GEO数据库中 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 存储着大量的来源于各种平台(Platforms)的数据: 基于Technology,又可分为以下几大类: 芯片主要以 ...

• (16)芯片探针与基因的对应关系-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

  这个我非常喜欢,目录如下: 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-NCBI下载对应关系 gene的各种ID转换终结者-biocond ...

• 在R里面对坐标进行映射

  比如把自己制作好的bam文件的坐标,跟提取自gtf文件的坐标信息对应起来,使用GenomicRanges包自带的函数即可. ann1 <- data.frame(   GeneID=c(&quo ...

• 下载所有芯片探针序列并且写成fasta文件

  选择在GEO官网的GPL平台下载 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL21827 rm(list = ls())  ## 魔 ...

• 第一个万能芯片探针ID注释平台R包

  昨天发布了 GEO数据库中国区镜像横空出世,粉丝们都很happy,因为确实解决了他们的一个拦路虎,以后下载GEO数据再也不用去网吧了.然后开始接近粉丝们的第二个需求,就是探针的ID注释问题.这是一个系 ...

• 第二个万能芯片探针ID注释平台R包

  整合全部表达芯片平台的soft文件并且提取基因symbol和探针对应关系 前面我们提到过表达芯片探针注释的3种方法,参见:第一个万能芯片探针ID注释平台R包, 并且帮助大家搞定了第一种biocondu ...

• 第三个万能芯片探针ID注释平台R包

  下载全部表达芯片平台的探针的碱基序列自主注释到基因ID 前面我们提到过表达芯片探针注释的3种方法,参见:第一个万能芯片探针ID注释平台R包, 并且帮助大家搞定了第一种bioconductor包的方法, ...

• 芯片探针序列的基因注释已经无需你自己亲自做了

  第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案 第二次是:(重磅!价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释 其中第二个教程是纯粹的R代码技巧,怕粉丝看不懂,我 ...