第三个万能芯片探针ID注释平台R包 / 开普饭

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

昨天发布了 GEO数据库中国区镜像横空出世,粉丝们都很happy,因为确实解决了他们的一个拦路虎,以后下载GEO数据再也不用去网吧了.然后开始接近粉丝们的第二个需求,就是探针的ID注释问题.这是一个系 ...

整合全部表达芯片平台的soft文件并且提取基因symbol和探针对应关系前面我们提到过表达芯片探针注释的3种方法,参见:第一个万能芯片探针ID注释平台R包, 并且帮助大家搞定了第一种biocondu ...

最近在答疑群里收到一个很经典的提问,就是: 请问各位老师,GPL570芯片中应该有部分基因是LncRNA,能否通过基因重注释的方式把有意义的LncRNA筛选出来呢?R语言能否实现呢? 而且学生特别的好 ...

GEO数据库中 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 存储着大量的来源于各种平台(Platforms)的数据: 基于Technology,又可分为以下几大类: 芯片主要以 ...

这是我第二次在标题上写重磅!价值一千元的代码,虽然下面的技能或者说代码对我来说是非常简单啦,但是在有需求的粉丝看来真正的价值不可估量. 第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000 ...

使用bioconductor注释包如果该芯片平台有对应的bioconductor注释包,只有约90个常用的芯片有! 比如: library(hgu133a.db) ids=toTable(hgu13 ...

第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是:(重磅!价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧,怕粉丝看不懂,我 ...

小林是公司部门的负责人,他和团队成员经过几个月的努力,终于和一家世界500强公司达成合作,签署了一份大合同.大家非常欣赏小林,觉得他是一个大功臣,闹着晚上要去庆祝.同事们还给部门经理打了电话,下班后, ...

随着时间的一点一点过去,总要有那么一天,我们要走向这个复杂的社会,有些人就害怕了,他们不太会看人说话,只自己干自己的活,这就是我们常说的老实人.老实人不会给领导敬酒怎么办?教你三个方法,只管用.这个社 ...

第三个万能芯片探针ID注释平台R包