第二个万能芯片探针ID注释平台R包 / 开普饭

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

昨天发布了 GEO数据库中国区镜像横空出世,粉丝们都很happy,因为确实解决了他们的一个拦路虎,以后下载GEO数据再也不用去网吧了.然后开始接近粉丝们的第二个需求,就是探针的ID注释问题.这是一个系 ...

下载全部表达芯片平台的探针的碱基序列自主注释到基因ID 前面我们提到过表达芯片探针注释的3种方法,参见:第一个万能芯片探针ID注释平台R包, 并且帮助大家搞定了第一种bioconductor包的方法, ...

最近在答疑群里收到一个很经典的提问,就是: 请问各位老师,GPL570芯片中应该有部分基因是LncRNA,能否通过基因重注释的方式把有意义的LncRNA筛选出来呢?R语言能否实现呢? 而且学生特别的好 ...

在前面的课程中,我们为大家介绍到R包主要来源于CRAN.Bioconductor和GitHub平台,具体的包安装方法可详见[R语言学习3]R语言程序包来源与使用方法简介,然而不同平台来源的包安装方法均 ...

GEO数据库中 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 存储着大量的来源于各种平台(Platforms)的数据: 基于Technology,又可分为以下几大类: 芯片主要以 ...

这是我第二次在标题上写重磅!价值一千元的代码,虽然下面的技能或者说代码对我来说是非常简单啦,但是在有需求的粉丝看来真正的价值不可估量. 第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000 ...

使用bioconductor注释包如果该芯片平台有对应的bioconductor注释包,只有约90个常用的芯片有! 比如: library(hgu133a.db) ids=toTable(hgu13 ...

第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是:(重磅!价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧,怕粉丝看不懂,我 ...

(代码块以缩进开始以第一条未缩进的行结束缩进量取决于您但是在整个块中缩进量必须一致) Python语句 Python解释器可以执行的指令称为语句.例如,a = 1是一个赋值语句.if陈述,for陈述, ...

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