10x单细胞数据分析之整理参考基因组 / 开普饭

虽然说我的大部分教程是针对人类或者小鼠的数据分析,实际上这些分析很容易迁移到其它物种,可能比较麻烦的就是最上游的关于参考基因组和注释文件信息的选择吧,这里讲一下猫猫狗狗的数据分析吧! 首先搜索了解物种 ...

写在前面 Kallisto 是一款 "Alignmnet-Free" 的转录组表达量估计的工具.其提出了一种 "pseudoalignment " 的概念,实则 ...

距离公布要带500个优秀本科生入门生物信息学的活动不到一个月,虽然真正入选不到一百,但是培养成绩喜人,出勤率接近百分之百,大部分人在短短两个星期就完成了R基础知识学习,Linux认知,甚至看完了转录组 ...

目录一.什么是参考基因组和基因组注释?二.参考基因组版本命名1.常用人参考基因组对应表2.常用小鼠参考基因组对应表三.下载1.NCBI2.Ensemble3.GENCODE4.UCSC5.iGenom ...

做人全基因的变异检测,首先需要下载人全基因组参考序列.参考序列主要是一些已发表物种基因组的一些信息,可以包括基因组序列,基因的核酸序列,基因的氨基酸序列,坐标文件,注释信息等,需要针对不同的分析目的, ...

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步.不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进,一起成长. 文献速递栏目通过简 ...

写在前面写在前面最近分析的物种由于国外品种与国内品种差异还是比较大,虽然大部分文章用的参考基因组都是以国外品种为主,但是由于考虑到目前我这边数据几乎全部都是来源于国内品种,因此在考虑是不是用国内品 ...

前些天我发布了 cellranger更新到4啦,提到了可以免费做一下10X的单细胞转录组数据上游分析,反正刚刚购买的服务器闲着也是闲着.然后,马上就有粉丝寄给我了一个2.4T硬盘,里面有24个10X单 ...

看到一篇最新研究,题目是:Targeting Degradation of the Transcription Factor C/EBPb Reduces Lung Fibrosis by Resto ...

这两天在筹备给中科院上海生化细胞所曾安研究组招聘生物信息学相关人才,就跟曾老师多聊了几句.(画外音,很多人也喊我曾老师,感觉两个曾老师聊天有点诡异)尤其是他2018年cell的单细胞转录组文章,关于涡 ...

NGS数据分析实践:02. 参考基因组及注释库的下载 - 目录 1. 参考基因组数据 2. 已知的SNP和Indel变异数据 3. annovar注释所需数据库的下载 4. 其他数据库系列文章: 二 ...

hello,大家好,今天已经是五一假期的第二天,本人呢,哪也去不了,只好在家歇着,所以呢,给自己找点事做,本人93年,单身,现居天津武清,女孩子有没有想谈恋爱了,可以联系我,联系方式是.......咳 ...

来源:光明网-<光明日报>2021-05-09 02:31 X 我科学家绘制出高精度亚洲猪参考基因组图谱有助于新品种培育改良光明日报北京5月8日电记者杨舒8日从中国农业科学院获悉,该 ...

编译:不二,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读蛇咬毒害是一种严重而被忽视的热带病,每年造成约10万人死亡.对毒素基因进行高质量基因组的全面表征将有助于开发有效的人源化重组抗蛇毒血清 ...

推荐:江舜尧编译:杨雅媛编辑:马莉福建省水产研究所海洋生物增养殖与高值化利用重点实验室黄种持团队于2019年7月20日在<Moclecular Ecology Resources>发 ...

一.人类基因组有多大参照UCSC提供的hg38版本,也是目前常用的人类参考基因组 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg3 ...

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