NGS数据分析实践：02. 参考基因组及注释库的下载 / 开普饭

在千人基因组计划的ftp服务器下载所有个体的突变信息文件如下: ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502 其中MT(线粒体), ...

参考:https://www.biostars.org/p/224702/ 非常多已经造好的轮子可以完成,包括bcftools,vcftools,还有大名鼎鼎的GATK,随便举例如下: module ...

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下某肿瘤队列文献的数据,需要下载几个T的fq数据走比对流程,然后找SNV和CNV等变异. 因为他的课题是保密的,我这里不方便提 ...

把我的全基因组重测续数据bam文件载入到IGV看了几个基因,发现有一些基因比对情况非常诡异,各种色块,各种缺口,让我不忍直视,搞得像是个破损的基因组,也查了查那些基因,主要是一些家族性基因,太长的基因 ...

完全看懂这个教程需要的背景知识比较多! 生信技能树GATK4系列教程 GATK4的gvcf流程你以为的可能不是你以为的新鲜出炉的GATK4培训教材全套PPT,赶快下载学习吧曾老湿最新私已:GAT ...

我的全基因组数据还没拿到,而且还会推迟,简单说(tu)明(cao)一下原因(还好当初为了避免广告嫌疑一直没说是哪个公司负责测序,反正用的是illumina的hiseqX10这个测序啦,所以可以尽情的吐 ...

大家好,又是一周不见. 这次见面,已然是一个悲伤而又狂欢的日子,这个双十一,小编从一只单身汪已经变成了断手单身汪,累觉不爱.但是,扶朕起来,朕还能学. Jimmy的测序数据终于出来了,虽然还没寄到Ji ...

最近学习salmon软件的使用方法,然后小白就踩了一个巨大的坑! so..夸张了是不? 先放图话不多说,先来看看我把服务器搞崩的是什么代码呢? 环境搭建 conda create -y -n rn ...

不同版本对应关系 hg19,GRCH37和Ensembl75是三种国际生物信息学数据库资源收集存储单位,即NCBI,UCSC和ENSEMBL各自发布的基因组信息. hg系列,hg18/19/38来自U ...

他们依然采用传统的本地上传方式,比如FileZilla(三大平台),taransmit(MacOS)等软件(这两个软件很常用,Transmit我之前在局域网的服务器中使用很方便,网速很快,但是在服务器 ...

rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切使用SGSeq探索可变剪切用DEXSeq分析可变 ...

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