转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） / 开普饭

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码,大量物种的基因组序列被测定和释放.与此同时,对应的基因结构注释信息文件,如GTF或GFF3文件等,也可公开下载. 对于绝 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

有一些学生的Linux功底实在是太差了,所以我不得不重启六年前的<生信工程师>面试题给他们练习,有一个题目就是探索gtf.有意思的是学生们给我反馈了有几个基因居然既是lncRNA又是pro ...

可以下载各种gtf,从NCBI,ENSEMBL,UCSC,GENCODE都可以!(记住,你下载什么样的gtf就需要修改成什么样的代码!!!)本文来源于我的个人博客: 画基因结构图! http://ww ...

编者注:完整文章首发于作者博客 http://huboqiang.cn/ 在这篇文章中,作者利用大数据平台 IBM data science 对生信技能树论坛的一道生物信息入门题进行了分析. 由于文章 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. ---我们实验室是研究雪莲的,可以做10X单细胞转 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

与常规的RNA-Seq一样,10x单细胞RNA-Seq/ST-Seq也需要测序数据比对到参考基因组进行基因的定量.那么参考基因组的质量就对单细胞的分析结果有着重大的影响. 接下来小编就给大家介绍一下1 ...

编者注:前几天在生信技能树我们发现了一个神奇的帖子(http://www.biotrainee.com/thread-928-1-1.html ), 作者用一种并非特别常用的注释文件格式(GenePr ...

在朋友圈看到了有人吐槽她下载的表达矩阵里面出现日期基因,挺好玩的,就把gse号码要过来了,是 GSE122083,其日期基因如下: 日期基因我看了看 GSE122083 数据集背后的文献,居然是单细 ...

前面我布置了一系列学徒作业,其中有一个虽然是单一作业,但是工作量相当于一个本科毕业设计:<GEO数据挖掘课程>配套练习题,关于这个课程学徒也写了一系列笔记:学徒写的<GEO数据挖掘课 ...

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