10x单细胞表达矩阵你也敢用Excel打开 / 开普饭

Cell Ranger是一个10X genomics公司的单细胞分析软件,将原始的fastq文件生成后续分析的feature-barcode表达矩阵.其中包括很多模块,本次主要介绍cellranger ...

一.单细胞single cell RNA-seq简介 1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq) Measures the average expression level for each ...

正文文章的第一次分群按照 : immune (CD45+,PTPRC), epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM), stromal (CD10+,MME,fibo or C ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是<生信入门第7期>学员的分享最近看到有一个简单的数据挖掘文章,就做了一个单细胞表达矩阵的差异分析,然后强行解释一波.而 ...

最近在读AUCell包的文档,链接是:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AUCell.html,这个包的教程我已经写完了, 在 :使 ...

背景介绍早在2015年发表在Nat. Biotechnol文章就提出了 scLVM (single-cell latent variable model)来在单细胞转录组数据里面去除细胞周期影响但 ...

一般来说单细胞表达量矩阵都是以基因为单位,我们可以很容易走常规的降维聚类分群并且合理的进行生物学命名,比如我们对官方 pbmc3k 例子,跑标准代码: library(Seurat) # https: ...

在高考英语作文的写作当中词汇贴切精准.多样,根据内容.写作意图.决定写作语气,恰当用词,能够使作文更加出彩,让阅卷老师眼前一亮,打出高分. 01 能力得到提升,大咖们这样表达-- 得到充分发展: ...

简介目前10X单细胞测序算是测序行业最热门的方向之一,它可以在低测序深度的情况下一次性的获得成千上万的细胞及其每个细胞内的基因表达情况,对了解细胞异质性和新的细胞类型非常有利.官网介绍的功能和优势如下 ...

貌代码被折叠了,大家需要阅读原文才能复制粘贴我代码在Rstudio里面直接运行,几分钟就可以学会15个图的制作! basic visualization for expression matrix j ...

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