把单细胞表达量矩阵换一个单位 / 开普饭

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是<GEO数据挖掘课程>的配套练习题我把3年前的收费视频课程:3年前的GEO数据挖掘课程你可以听3小时或者3天甚至3个月 ...

前面我们分享了你还缺乳腺癌表达量数据集吗,里面有34个数据集,然后热心的粉丝留言了另外一个包:MetaGxBreast ,里面的数据集更多.同样的也值得介绍安装和加载MetaGxBreast相信已 ...

太多人咨询基因的各种ID转换问题,在非模式生物的物种里面更麻烦,因为数据库注释资源并不权威. 但是实际上这样的基因ID转换也不是必须的,因为差异分析要的是表达量矩阵,基因名字并不重要啊,后面的注释也是 ...

总是有粉丝询问多个分组的两两之间差异分析如何弄这样的问题,其实"师傅领进门,修行在个人",我们讲解了方法并且给予的全部的学习资源,理论上后续应该是大家各凭本事,做好自己的科研. l ...

最近在系统性整理单细胞转录组图谱计划,发现了一个有意思的数据共享方式,就是2018的小鼠单细胞图谱,文章标题是:<A single-cell transcriptomic atlas chara ...

前言前面我们提到了:CNS图表复现10-表达矩阵是如何得到的,有粉丝提问,既然都开始走RNA-seq数据的上游分析了,到Linux服务器操作了,难道仅仅是为了拿到表达矩阵文件吗?RNA-seq数据分 ...

rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~ options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时,将stringsAsFactors设置为 ...

关于这个estimate,我们在生信技能树公众号已经是多次分享了,主要是因为肿瘤本身具有异质性而且肿瘤取样问题,所以我们拿到了肿瘤数据(比如表达量矩阵)里面除了恶性癌症细胞的,还有基质细胞和免疫细胞的 ...

常规的读入10x的3个文件,需要自己根据下面的网址去下载 pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 文件,并且解压哦,然后 Read10X 函数读入解压后的文件 ...

把单细胞表达量矩阵换一个单位