差异分析要的是表达量矩阵，基因名字并不重要啊 / 开普饭

WGBS跟RRBS如何选择?表观DNA甲基化和转录调控结果关联思路前几天,易基因推送了以RRBS技术研究结果高分见刊的SCI文章[详见:Mol Biol Evol:利用RRBS技术多维度分析人和小鼠 ...

转录组测序技术 (RNA-seq) 具有广泛的应用,RNA-seq数据分析主要步骤包括实验设计,质量控制,reads比对,基因和转录水平的定量,差异基因表达,可变剪接,功能分析,基因融合检测和eQTL ...

编译:秦时明月,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读医药和化妆品残留是新出现的污染物,已经在世界各地的环境中越来越多地被检测到.某些类别的药物(如选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSR ...

Multi-dimensional omics characterization in glioblastoma identifies the purity-associated pattern an ...

总是有粉丝询问多个分组的两两之间差异分析如何弄这样的问题,其实"师傅领进门,修行在个人",我们讲解了方法并且给予的全部的学习资源,理论上后续应该是大家各凭本事,做好自己的科研. l ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是<GEO数据挖掘课程>的配套练习题我把3年前的收费视频课程:3年前的GEO数据挖掘课程你可以听3小时或者3天甚至3个月 ...

前面我们分享了你还缺乳腺癌表达量数据集吗,里面有34个数据集,然后热心的粉丝留言了另外一个包:MetaGxBreast ,里面的数据集更多.同样的也值得介绍安装和加载MetaGxBreast相信已 ...

最近在系统性整理单细胞转录组图谱计划,发现了一个有意思的数据共享方式,就是2018的小鼠单细胞图谱,文章标题是:<A single-cell transcriptomic atlas chara ...

前言前面我们提到了:CNS图表复现10-表达矩阵是如何得到的,有粉丝提问,既然都开始走RNA-seq数据的上游分析了,到Linux服务器操作了,难道仅仅是为了拿到表达矩阵文件吗?RNA-seq数据分 ...

rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~ options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时,将stringsAsFactors设置为 ...

一般来说单细胞表达量矩阵都是以基因为单位,我们可以很容易走常规的降维聚类分群并且合理的进行生物学命名,比如我们对官方 pbmc3k 例子,跑标准代码: library(Seurat) # https: ...

关于这个estimate,我们在生信技能树公众号已经是多次分享了,主要是因为肿瘤本身具有异质性而且肿瘤取样问题,所以我们拿到了肿瘤数据(比如表达量矩阵)里面除了恶性癌症细胞的,还有基质细胞和免疫细胞的 ...

常规的读入10x的3个文件,需要自己根据下面的网址去下载 pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 文件,并且解压哦,然后 Read10X 函数读入解压后的文件 ...

差异分析要的是表达量矩阵，基因名字并不重要啊