表达量矩阵分组很复杂也可以使用limma的3大策略 / 开普饭

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

# 5. 差异分析 ----------------------------------------------------------------- library(limma) design=mo ...

总是有粉丝询问多个分组的两两之间差异分析如何弄这样的问题,其实"师傅领进门,修行在个人",我们讲解了方法并且给予的全部的学习资源,理论上后续应该是大家各凭本事,做好自己的科研. l ...

前面我们分享了你还缺乳腺癌表达量数据集吗,里面有34个数据集,然后热心的粉丝留言了另外一个包:MetaGxBreast ,里面的数据集更多.同样的也值得介绍安装和加载MetaGxBreast相信已 ...

太多人咨询基因的各种ID转换问题,在非模式生物的物种里面更麻烦,因为数据库注释资源并不权威. 但是实际上这样的基因ID转换也不是必须的,因为差异分析要的是表达量矩阵,基因名字并不重要啊,后面的注释也是 ...

最近在系统性整理单细胞转录组图谱计划,发现了一个有意思的数据共享方式,就是2018的小鼠单细胞图谱,文章标题是:<A single-cell transcriptomic atlas chara ...

前言前面我们提到了:CNS图表复现10-表达矩阵是如何得到的,有粉丝提问,既然都开始走RNA-seq数据的上游分析了,到Linux服务器操作了,难道仅仅是为了拿到表达矩阵文件吗?RNA-seq数据分 ...

rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~ options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时,将stringsAsFactors设置为 ...

一般来说单细胞表达量矩阵都是以基因为单位,我们可以很容易走常规的降维聚类分群并且合理的进行生物学命名,比如我们对官方 pbmc3k 例子,跑标准代码: library(Seurat) # https: ...

关于这个estimate,我们在生信技能树公众号已经是多次分享了,主要是因为肿瘤本身具有异质性而且肿瘤取样问题,所以我们拿到了肿瘤数据(比如表达量矩阵)里面除了恶性癌症细胞的,还有基质细胞和免疫细胞的 ...

常规的读入10x的3个文件,需要自己根据下面的网址去下载 pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 文件,并且解压哦,然后 Read10X 函数读入解压后的文件 ...

表达量矩阵分组很复杂也可以使用limma的3大策略