单细胞Marker基因可示化包Nebulosa / 开普饭

我们将使用之前从 2,700个 PBMC 教程中计算的 Seurat 对象在演示可视化技术.您可以从这里[1]下载此数据集 SeuratData::InstallData("pbmc3k& ...

以前我们做了一个投票:可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法,下面的5个基础函数相信大家都是已经烂熟于心了: VlnPlot(pbmc, features = c("MS4A1", ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 最近听说定量免疫浸润很火,于是我也报名参加了果子老 ...

作者 | 单细胞天地小编刘小泽课程链接在:http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55 第二单元第8讲:细胞亚群的生物学命名上一 ...

此文演示了一些与 Seurat 对象交互的功能.为了演示,我们将使用在第一个教程中创建的 2,700 个 PBMC 对象.为了模拟我们有两个复制的情景,我们将随机分配每个集群中一半的细胞自" ...

最近刷单细胞文章,看到了<Tumor and immune reprogramming during immunotherapy in advanced renal cell carcinom ...

我们使用通过SeuratData[1]包提供的 2,700个 PBMC 来演示. 加载数据 library(Seurat) library(SeuratData) pbmc <- LoadDat ...

单细胞RNA-seq数据中的生物异质性经常受技术因素(包括测序深度)影响.每个细胞中检测到的分子数量在细胞之间可能显著变化,即使在相同的细胞类型内也是如此.对 scRNA-seq 数据的解释需要有效的 ...

绘制FeaturePlot时,遇到基因在所有细胞中表达水平相同展示效果不理想的情况,本文引入函数tryCatch()旨在解决上述问题,并将警告信息保存到日志文件中便于后续追踪. 1 加载R包 libr ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树. 生信技能树核心成员,单细胞天地特约撰稿人,简书创作者,单细胞数据科学家. 前情回顾 Seurat 4.0 ||您的 ...

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