Garnett构建自己的分类器以定义细胞类型

相关推荐

• huBRGSF-PBMC小鼠模型验证

  huBRGSF-PBMC模型验证 huPBMC-BRGSF小鼠的人源化水平检测. 将人PBMC经尾静脉注射入BRGSF重度免疫缺陷小鼠体内,在不同时间点检测小鼠外周血中hCD45+细胞占mCD45+细 ...

• 不缺好文章、idea的不要进！

  Single cell RNA-seq analysis workshop 1 Quality Control 大家好,我是晨曦,本次将开启一个全新的系列,依旧是单细胞,依旧是熟悉的晨曦解读,只不过这 ...

• 单细胞Marker基因可示化包Nebulosa

  与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

• 单细胞工具箱|Seurat官网标准流程

  学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

• BMP-2诱导鸡胚心脏系标记物异位表达以及对体细胞形成的影响

      本公众号每天分享一篇最新一期Anesthesia & Analgesia等SCI杂志的摘要翻译,敬请关注并提出宝贵意见   BMP-2 induces ectopic expressi ...

• 构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析）

  最近一直在这里细胞通讯分析相关软件工具及原理,看到不同细胞亚群的网络图,就以为是细胞通讯分析. 细胞通讯分析在肿瘤领域的单细胞研究数据处理很常见,因为恶性的肿瘤细胞并不是孤立存在的,它会跟其周围的肿瘤 ...

• Garnett—细胞类型注释工具

  男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 前言 Garnett是一个从单细胞表达数据中实现自 ...

• 私募基金的定义及类型

  私募基金的定义及类型

• 科研 |PLANT CELL：拟南芥不同根系细胞类型的特异免疫调控网络

  编译:YQ,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 植物根系对于生长发育至关重要,根系吸收养分和水,同时防御土壤微生物.在不断变化的环境压力下,根系进化出复杂的结构,包括不同功能的细胞类 ...

• 科研 |NEURON：细胞类型特异性转录组学揭示突变的亨廷顿蛋白导致线粒体RNA释放和神经元固有免疫激活

  编译:稻和,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 亨廷顿病(HD)是一种由Huntingtin(HTT)基因第1外显子的CAG三核苷酸重复扩增引起的致命神经退行性疾病.在HD中,突变的 ...

• 科研 | 剑桥大学：造血细胞转录组图谱中细胞类型特异性新的LncRNA和circRNA

  编译:Champion,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 本研究使用来自脐带和成人外周血的27种成熟细胞的90个RNA样品以及来自11种成熟细胞的32个小RNA样品进行分析.通过 ...

• Nucleic Acids Research | 人类中枢神经系统冷冻保存组织中特定细胞类型的转录谱（一区:IF=11.147）

  编译:不二,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 美国哈佛大学干细胞和再生生物学研究所及哈佛医学院布拉瓦尼克研究所Paola Arlotta和Constance L. Cepko等人于201 ...

• Neuron | 更加灵活！艾伦研究所开发新的增强子病毒，实现亚细胞类型特异性标记

  病毒工具使神经生物学家可以方便地实现细胞特异性地环路追踪和操控. 最近,艾伦脑科学研究所的Bosiljka Tasic团队在 Neuron 杂志在线发表了题为"Enhancer viruse ...

• 什么时候细胞周期的分类作用大于细胞类型呢

  众所周知,在肿瘤单细胞数据里面,对恶性细胞来说,病人的分类作用是远大于细胞类型的,不过其实肿瘤恶性细胞也说不出什么确切的细胞类型,目前仅仅是根据TCGA的bulk转录组数据进行分子分型.但是对免疫细胞 ...