Garnett—细胞类型注释工具 / 开普饭

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

huBRGSF-PBMC模型验证 huPBMC-BRGSF小鼠的人源化水平检测. 将人PBMC经尾静脉注射入BRGSF重度免疫缺陷小鼠体内,在不同时间点检测小鼠外周血中hCD45+细胞占mCD45+细 ...

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

简介Seurat是一个r包,被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析.Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源,同时提供整合不同类型的单细胞数据的函数.目前Seur ...

大家好,我是风.欢迎来到风风的从零开始单细胞系列.前面我们已经学习了数据下载.构建分析对象和数据质控.如果你的scater出现了一些警告内容,提示函数被替代,那也不用着急.正如其他内容一样,scate ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 解释任何单细胞测序数据的起点都是对给定数据集中的细 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 如果您的组织类型不存在分类器我们的仓库中,或者数据 ...

编译:YQ,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读植物根系对于生长发育至关重要,根系吸收养分和水,同时防御土壤微生物.在不断变化的环境压力下,根系进化出复杂的结构,包括不同功能的细胞类 ...

编译:稻和,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读亨廷顿病(HD)是一种由Huntingtin(HTT)基因第1外显子的CAG三核苷酸重复扩增引起的致命神经退行性疾病.在HD中,突变的 ...

编译:Champion,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本研究使用来自脐带和成人外周血的27种成熟细胞的90个RNA样品以及来自11种成熟细胞的32个小RNA样品进行分析.通过 ...

编译:不二,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 美国哈佛大学干细胞和再生生物学研究所及哈佛医学院布拉瓦尼克研究所Paola Arlotta和Constance L. Cepko等人于201 ...

病毒工具使神经生物学家可以方便地实现细胞特异性地环路追踪和操控. 最近,艾伦脑科学研究所的Bosiljka Tasic团队在 Neuron 杂志在线发表了题为"Enhancer viruse ...

生物信息学数据库种类繁多,其中基因ID是很多人比较困惑的,尤其是很多产品居然还不是基因ID的问题,比如表达芯片是探针,所以我策划了一系列ID转换教程,见文末!我的包里面有一个函数大家比较感兴趣,就是为 ...

众所周知,在肿瘤单细胞数据里面,对恶性细胞来说,病人的分类作用是远大于细胞类型的,不过其实肿瘤恶性细胞也说不出什么确切的细胞类型,目前仅仅是根据TCGA的bulk转录组数据进行分子分型.但是对免疫细胞 ...

Garnett—细胞类型注释工具