构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析） / 开普饭

作物生产力取决于分生组织的活动,分生组织产生优化的植物结构,包括玉米穗的结构.全面了解发育需要了解细胞类型和发育域的多样性以及指定它们所需的基因网络.到目前为止,这些基因主要是通过形态学和经典遗传学的 ...

转自医科研我就是用这个神器来挖单细胞测序数据的!作者:白介素2关于单细胞测序这个热点我们已经有很多文章介绍过了,这里就不再赘述了.目前,单细胞测序相对来讲还是属于比较昂贵的技术,没钱做不起怎么办?此 ...

[科研绘图点我][付费精品合集][SEER点我] 本文题为Systematic expression analysis of ligand-receptor pairs reveals importa ...

第一章单细胞科研:第二节,单细胞技术介绍 ##文章亮点 ### 1 Drop-seq可通过RNA-seq高度并行地分析单个细胞 ### 2Drop-seq与DNA条形码的珠子一起将细胞包裹在纳升的液 ...

与许多其他农作物相比,玉米的生产率要高得多. 在其进化过程中发展出的特殊叶片解剖结构和特殊形式的光合作用(称为C4)使玉米的生长比同类植物快得多. 结果,玉米需要更有效的运输策略以将光合作用过程中产生 ...

编译:CCI,编辑:十九.江舜尧. 本微文由作者原创编译,欢迎转发转载. 浙江大学药学院范骁辉教授课题组于2020年5月21日在知名学术期刊Protein & Cell发表题目为<New ...

一般来说,建议大家直接读原汁原味的综述,比如2020年11月9日,Erick Armingol等在 Nature Reviews Genetics上发表了一篇综述<Deciphering cel ...

单细胞进阶分析主要是拟时序分析,细胞通讯分析,以及SCENIC转录因子分析.但实际上随着越来越多单细胞研究从CNS正刊跌落到CNS子刊,再到普通的数据挖掘文章,所谓的进阶分析也要沦落为标准分析啦. 不 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞转录组学为推断细胞网络中配体受体(LR)的相互作用提供了前所未有的机会.本文介绍了一种新的LR数据库和一种新的正规化评分来执行这 ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,基本上跑的都是标准代码,里面很多细节参数是需要自己慢慢摸索的.保证单细胞转录组表达矩阵质量ok啦,而且需要去除了各种混杂因素. 因为参数需要自己摸索 ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,而且拿到的亚群,也可以解释其生物学意义,见:单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释其实理论上细胞亚群是可以无限划分的,因为世界上没有两个一模一样的细胞 ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,而且拿到的亚群,也可以解释其生物学意义,见:单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释,接下来可以把拿到的亚群进行更细致的分群,或者看不同样本不同组别的内部 ...

前面我们假设自己的生物学背景不够,所以不需要把T细胞分成 "Naive CD4 T" , "Memory CD4 T" , "CD8 T" ...

有人提问,他自己做单细胞的gsva, 细胞通讯,转录因子,拟时序, inferCNV这些分析,发现特别的消耗计算资源,因为项目很多,每个细胞亚群都是过万的细胞.希望可以将这些单细胞亚群进行抽样,使得其 ...

自从周运来写了一篇cellchat的中文介绍教程<CellChat:细胞间相互作用分析利器>,然后R包作者也在B站做了直播介绍,cellchat作为一个细胞通讯分析的新兴R包,受到了广泛关 ...

构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析）