单细胞亚群细胞数量不一致，如何实现抽样？ / 开普饭

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

最近一直在这里细胞通讯分析相关软件工具及原理,看到不同细胞亚群的网络图,就以为是细胞通讯分析. 细胞通讯分析在肿瘤领域的单细胞研究数据处理很常见,因为恶性的肿瘤细胞并不是孤立存在的,它会跟其周围的肿瘤 ...

数据库构建也是生物信息学领域一个大方向,尤其是现在大热的单细胞领域,应该是不少团队在为单细胞数据库资源网页在踌躇满志了,不过单细胞数据之大,绝大部分实验室课题组是hold不住这个方向的数据这里的,最近 ...

韭菜生长旺盛,前提是密度要合适,肥料充足,并保持一定的土壤湿度,在合适的温度条件下.现在谈谈施什么肥韭菜越长越粗的问题. 韭菜施氮肥韭菜越长越粗.韭菜进入旺盛生长期,多施氮肥,可以明显提高产量.但不同 ...

前面我们已经完成了cytof数据处理的主要步骤,读入文件,质量控制,降维聚类分群,生物学注释和细胞亚群比例差异分析.目录如下: 1.cytof数据资源介绍(文末有交流群) 2.cytofWorkflo ...

好的颜值,人人都爱,是你接触有趣的灵魂的敲门砖.单细胞数据分析也是如此,人人都知道需要降维聚类分群. 有了好的代码,甚至非本专业的财务人员都可以复制粘贴我们写好的的代码,参考前面的例子:人人都能学会的 ...

做单细胞数据分析,我们当然希望看到一个清晰的降维聚类分群结果,这样才方便做生物学亚群注释,比如前面的例子:人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ,第一次分群就非常漂亮! 但那个毕竟是理想情况下,实际上很 ...

最近在整理新冠疫情相关的单细胞文章,尤其是那些提供了数据集的而且还有配套GitHub代码的,超级棒的学习资料. 比如北京大学张泽民教授的实验室发表在 Nat Med. 2020 Jun的文章<S ...

我们做肿瘤研究的单细胞数据,一般来说初步定义细胞亚群, 第一次分群是通用规则,按照 : immune (CD45+,PTPRC), epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM), ...

以前我们做了一个投票:可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法,下面的5个基础函数相信大家都是已经烂熟于心了: VlnPlot(pbmc, features = c("MS4A1", ...

单细胞亚群细胞数量不一致，如何实现抽样？