读取GEO数据库的单细胞转录组表达矩阵文本文件的一种方式 / 开普饭

你好! 2017年5月GEO的关键词是:蜕变. 无论是率性而为的南下粤府,还是几经波折的户外考察,我感觉五月虽然不巧遇到了电脑突然的掉线(维修人员说真的是一根线松了,所以键盘和触控板完全失灵),但总体 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

背景介绍早在2015年发表在Nat. Biotechnol文章就提出了 scLVM (single-cell latent variable model)来在单细胞转录组数据里面去除细胞周期影响但 ...

我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述)给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战: 所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题,上一期:表达矩阵的归一化和标准化,去除极端值,异常值 ...

En espa?ol hay muchas formas para decir que nos hemos quedado sin dinero, que estamos pobres. Aquí t ...

在第一讲我们详细介绍了GEO数据库的基础知识及规律,也了解了如何利用官方R包GEOquery来探索GEO数据库,当然,我的生信菜鸟团博客里面也从很多其它角度解析过它,欢迎大家自行搜索学习.总得来说,从 ...

发表这个算法的文章是:Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitr ...

看到发表在 Cell. 2020 Mar 4. 的文章的研究项目里面有 4个10X样本,题目是:Complement Signals Determine Opposite Effects of B C ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是<生信入门第7期>学员的分享最近看到有一个简单的数据挖掘文章,就做了一个单细胞表达矩阵的差异分析,然后强行解释一波.而 ...

是时候把生信技能树的舞台交给后辈! 粉丝来稿作者:黑川五郎写在前面单细胞转录组以10X公司为主流,单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一 ...

读取GEO数据库的单细胞转录组表达矩阵文本文件的一种方式