从GEO数据库下载得到表达矩阵一文就够 / 开普饭

#GEO是什么? GEO全称Gene Expression Omnibus data base,由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库(通过NCBI首页,All Database ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

#1. GEO数据的下载 ##1.1 方法一:下载RAW Data数据 ##1.2 方法二:下载series Matrix表达数据 rt <- read.table("GSE56814 ...

昨天我们GEO数据库的检索方式.但是对于里面的每一个数据集内容没有详细的解释,这次呢,我们就来介绍一下每个数据集里面包括哪些内容. 这次我们用GSE79973数据集进行介绍.(https://www. ...

之前在介绍GEO数据库数据分析的时候,我们介绍过GEO2R这个在线的分析GEO芯片数据的工具.但是对于GEO里面的一些二代测序的数据,就没办法进行分析了.最近新发布了一个在线的数据库eVITTA,则可 ...

A 什么是GEO数据库? GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库.它创建于2000年,收录了世 ...

最近在读AUCell包的文档,链接是:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AUCell.html,这个包的教程我已经写完了, 在 :使 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

发表这个算法的文章是:Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitr ...

最近生信技能树的很多朋友反馈一个GEOquery的bug,而且这个错误对初学者来说,是不可能解决的问题,值得分享一下!(2018-11-27 计) 就是昨天推文末尾的小测试: GEOquery包的ge ...

看到发表在 Cell. 2020 Mar 4. 的文章的研究项目里面有 4个10X样本,题目是:Complement Signals Determine Opposite Effects of B C ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了!(视频观看方式见文末) 下面是<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第二篇) 了解数据挖掘公共数据库:(数据来源) GEO和TCG ...

使用说明序列号CK99B X8F9S 6VZP7 YQJKA 16YDX CB15 基本简介 ChessBase 15是一个个人的独立国际象棋数据库,已成为全世界的标准. 每个人都使用这款软件,从世 ...

没有样本,没钱测序,如何拿别人的数据来发自己的文章呢? 公共数据库挖掘呀! 众所周知,TCGA和GEO是最著名的两大公共数据库,前者主要存储高通量(二代测序)数据的肿瘤样本数据(TCGA的0代码可视化 ...

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