【生信笔记】查找GEO数据集 / 开普饭

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目录如下: 生信人必学ftp站点之NCBI-GEO 脚本作业-解读NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息 NCBI的taxid简单介绍 NCBI的基因entrez ID相关文件介绍请直接看我博客吧 ...

最近还是大量粉丝留言表示自己因为疫情困在家里,想做数据挖掘混个本科毕业论文,但是看完我的GEO数据挖掘视频后,想下载个数据集,就被卡死了,实在是巧妇难为无米之炊! 这个不怪大家,我给大家的免费的GEO ...

#1. GEO数据的下载 ##1.1 方法一:下载RAW Data数据 ##1.2 方法二:下载series Matrix表达数据 rt <- read.table("GSE56814 ...

#GEO是什么? GEO全称Gene Expression Omnibus data base,由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库(通过NCBI首页,All Database ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

一般来说,想挖掘GEO数据库的公共数据集,最后发表时候都要引用该数据集的原始文献.一个GSE数据集会关联到一个原始文献,比如: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/que ...

在进行生信分析时我们会发现,将测序数据用Microsoft Excel打开后,部分基因名会自动转换为日期或浮点. 例如,将下表中第一列的数据导入Excel后,将自动转换为第二列的内容: 一旦导入Exc ...

在使用服务器时,往往需要进行密码登录,甚至有的需要先登录堡垒机,再登录开发机,输入过程较为繁琐,因此可以考虑将命令写成脚本的形式自动化登录. expect是一个能实现自动和交互式任务的解释器,它也能解 ...

首先来看拿到这组数据,需要按照outcome的列名不同将数据保存为Paresthesia.csv和Dry mouth.csv两个文件,假如数据量少,我们一般在Excel进行筛选(保证列名存在,直接复制 ...

在前期我们为大家介绍了[R包荟萃]热图绘制工具:pheatmap包详解,其中想要绘制分组的热图时需要两个数据,即原始表达矩阵mat和分组信息annotation_col,其中annotation_co ...

当我们需要一些NGS数据时,一般会去NCBI或者EBI的数据库中下载.但是当我们用wget下载时,时常会出现断开连接或者网络下载速度缓慢,对于几十G或者上百G的数据,下载无计可施,这是则可以使用Asp ...

在人工智能以及生物信息学发展迅速的现在,充分掌握相关技术是非常重要的,而由于系统的差异,导致很多软件需要在Linux或者Mac OS上运行,长期以来,在Windows系统上解决这一难题的方式是安装虚拟 ...

在GSEA分析中,在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了很多基因集,下载的基因集是gmt格式文件.下载的gmt格式文件,打开后可以看见是下面这个样子 ...

一.文本挖掘的一般过程参考: http://www.sthda.com/english/wiki/text-mining-and-word-cloud-fundamentals-in-r-5-sim ...

参考文章:Bioinformatic analysis identifying FGF1 gene as a new prognostic indicator in clear cell Renal ...

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