GEO数据库中国区镜像奔走相告啊
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R语言GEO数据处理(二)
#1. GEO数据的下载 ##1.1 方法一:下载RAW Data数据 ##1.2 方法二:下载series Matrix表达数据 rt <- read.table("GSE56814 ...
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GEO数据库中国区镜像横空出世
接收到太多的粉丝求助,想下载个表达矩阵做一下数据挖掘偏偏第一步就卡在了,数据文件下载半天毫无动静,或者下载到99%就卡死了.如果我恰好在电脑旁,通常会帮忙下载后微云或者百度云传递给粉丝,但这毕竟不是长 ...
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你的GEO中国区镜像该升级啦
备份了GEO数据库里面的几乎全部的表达量芯片数据集的表达量矩阵和临床信息矩阵 版本日志 不来呢是不准备更新GEOmirror了,因为GEOmirror功能都被我的annoprobe包给包含了,但是&q ...
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重磅!中文版GEO数据库来了!
没有样本,没钱测序,如何拿别人的数据来发自己的文章呢? 公共数据库挖掘呀! 众所周知,TCGA和GEO是最著名的两大公共数据库,前者主要存储高通量(二代测序)数据的肿瘤样本数据(TCGA的0代码可视化 ...
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GEO数据库使用教程及在线数据分析工具
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库.它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就 ...
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从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够
在第一讲我们详细介绍了GEO数据库的基础知识及规律,也了解了如何利用官方R包GEOquery来探索GEO数据库,当然,我的生信菜鸟团博客里面也从很多其它角度解析过它,欢迎大家自行搜索学习.总得来说,从 ...
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一万人陪你学习GEO数据库挖掘知识(公益视频听课笔记分享)
耗费半年的时间精心制作了成套的生物信息学入门视频教程,并且在生信技能树联盟平台发布了这个长达74个小时全套生物信息学入门视频:生信技能树视频课程学习路径,这么好的视频还免费! 在B站看了看,大家学的热 ...
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读取GEO数据库的单细胞转录组表达矩阵文本文件的一种方式
最近在读AUCell包的文档,链接是:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AUCell.html,这个包的教程我已经写完了, 在 :使 ...
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上传数据到GEO数据库实战笔记
师兄的文章要送审,编辑让把RNA-seq的数据传到GEO数据库上,今天就在传这个数据. 之前没传过数据,今天就是一边学一边搞这个. 一.注册账号 先注册一个GEO账号 二.准备工作 选择Data ty ...
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GEO数据库的这个功能你知道吗
不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,很幸运聚集了一些小伙伴携手共进,我们承诺不间断更新5个月,把我们这两年的学习成果全部掏出来给大家,希望大家都能有所收获!当然也欢迎大家加入我们,勇于分享 ...