【生信笔记】高速下载测序数据：Aspera的安装与使用 / 开普饭

希望所有学员都可以站在生信技能树的舞台上发光发热! 下面是粉丝随机投稿追随生信技能树的脚步,学习生信已经有半年多了.看了哔哩哔哩上的视频,也跑了健明老师的代码.以为自己起码入门了,但是真正分析感兴趣 ...

在国内做数据分析本来就不容易,SRA数据库自带的prefetch基本上是形如虚设,下载速度比乌龟快一点点,所以不得不求助IBM的aspera加速器.这也是我们每次授课都会介绍的各种国内科研数据处理专用 ...

本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货. 1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输入: https://w ...

最近下载一个文章的数据,发现3个数据,就有3种结果:$cat logs/down.log.4$cat need.sra.list |while read id;do ( ~/biosoft/sra ...

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

在前期我们为大家介绍了[R包荟萃]热图绘制工具:pheatmap包详解,其中想要绘制分组的热图时需要两个数据,即原始表达矩阵mat和分组信息annotation_col,其中annotation_co ...

大家看我在生信技能树发布的各个NGS组学的视频教程, 基本都是随手找到一篇文章,就去查询其原始数据,通常是在NCBI的SRA,然后使用prefetch下载sra文件,有的时候还好使用aspera进行加 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

本文研究的是传统中药复方桂枝茯苓丸治疗乳腺癌的机制,分为3个部分:第一部分,利用网络药理学方法筛选桂枝茯苓丸的有效成分和治疗乳腺癌的潜在靶标,公共数据验证:第二部分,基于高通量测序的高通量筛选技术靶向 ...

在进行生信分析时我们会发现,将测序数据用Microsoft Excel打开后,部分基因名会自动转换为日期或浮点. 例如,将下表中第一列的数据导入Excel后,将自动转换为第二列的内容: 一旦导入Exc ...

在使用服务器时,往往需要进行密码登录,甚至有的需要先登录堡垒机,再登录开发机,输入过程较为繁琐,因此可以考虑将命令写成脚本的形式自动化登录. expect是一个能实现自动和交互式任务的解释器,它也能解 ...

首先来看拿到这组数据,需要按照outcome的列名不同将数据保存为Paresthesia.csv和Dry mouth.csv两个文件,假如数据量少,我们一般在Excel进行筛选(保证列名存在,直接复制 ...

在人工智能以及生物信息学发展迅速的现在,充分掌握相关技术是非常重要的,而由于系统的差异,导致很多软件需要在Linux或者Mac OS上运行,长期以来,在Windows系统上解决这一难题的方式是安装虚拟 ...

在GSEA分析中,在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了很多基因集,下载的基因集是gmt格式文件.下载的gmt格式文件,打开后可以看见是下面这个样子 ...

【生信笔记】高速下载测序数据：Aspera的安装与使用