不止是NCBI的SRA可以下载测序数据 / 开普饭

[数据库]SRA数据库介绍及数据下载 - 目录 1. SRA数据库介绍 (1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP (2) PRJNA开头的ID:SAMN = SRS (3) SRX开头的ID ...

当我们需要一些NGS数据时,一般会去NCBI或者EBI的数据库中下载.但是当我们用wget下载时,时常会出现断开连接或者网络下载速度缓慢,对于几十G或者上百G的数据,下载无计可施,这是则可以使用Asp ...

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

写在前面课题需要,前述,在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能.在这个功能的辅助下,我们较快的完成了阶段任务.筛选数据完成了,但是下载数据却出现了问题 ...

转录组测序(RNA-Seq)是当下生物医学科研领域的热点技术,在SCI论文中频频亮相.但是无论是以RNA-Seq为试验主体的论文,还是以RNA-Seq为分析辅助手段的论文,在发表之前总是绕不开一个问题 ...

长期更新列表: 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的必须神器 IGV 资料大全,含视频生信技巧第5课-生信人必须安装的软件不知不觉就第 ...

前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站,都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程,其实是因为我本人一直不在中国大陆,所以没有网络问题.但是学生们不一样,同样 ...

写在前面伴随高通量测序技术的普及,海量的测序数据被产生并上传到网络数据库,如NCBI SRA.我们每个人都可以很轻易地获得这些数据,并用于有生物学问题针对性地分析.数据容易获取,但数据具体来源和信息 ...

导言前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具.我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....). ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 DDBJ(DNA Data Bank of Japan)是与NCBI的GenBank,EMBL的EBI数据库齐名的世 ...

SRA文件的解压主要是用sratools中的fastq,但是这个软件不能多线程运行,随着测序数据越来越大,fastq的解压速度可能成为整个流程的瓶颈(其实并不会:P,不过没有多线程就是不爽). 不过s ...

我目前的项目主要参考了一篇文献,我想借重复这篇文章的数据分析及表格制作来巩固学习3天的生信技能树培训内容.我翻到文章最后找到了数据的获取方式: 载入下载页面后一看有两个"数据大小" ...

不止是NCBI的SRA可以下载测序数据