超实用干货贴 | 转录组测序原始数据如何上传到NCBI数据库？

转录组测序（RNA-Seq）是当下生物医学科研领域的热点技术，在SCI论文中频频亮相。但是无论是以RNA-Seq为试验主体的论文，还是以RNA-Seq为分析辅助手段的论文，在发表之前总是绕不开一个问题：杂志要求转录组测序的原始数据必须上传至NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）。而转录组的原始数据动辄几十上百G，怎样才能快速、简洁的将数据上传到NCBI呢？今天的这篇文章将为大家介绍转录组测序原始数据上传到NCBI数据库的流程与技巧，希望可以为遇到困难的新手们提供一些帮助！

操作步骤

 

1   注册NCBI账号

首先进入NCBI网站主界面（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），最好使用IE、Firefox或Google浏览器。之后如下图所示，按要求填好信息完成注册。

图1

图2

2   填写SRA基本信息

因为我们要上传的是转录组原始数据，所以应该选择上传到SRA。

 图3

图4

 图5

 图6

图7

 图8

 图9

3 创建BioSample

图10

 图11

 图12

注：Biosample表格填写完成后一定要保存成.tsv或.txt格式，再上传回NCBI！！

4 上传数据到SRA

这里就是上传步骤中最重要的地方——SRA metadata

图13

图14

注：SRA metadata表格填写完成后一定要保存成.txt格式，再上传回NCBI！！

接下来就是如何将数据传到NCBI上了，推荐选择Aspera命令行上传方式，这也是最快速、便捷，且无视网络情况的上传方法。在这里我们只介绍Aspera命令行上传方式。

 图15

注：Aspera软件可以在网上直接免费下载到电脑，在Windows环境下安装即可。

 图16

将Aspera密码文件、转录组原始数据文件放到一个文件夹中，之后打开电脑的DOS命令窗口：

图17

 图18

 图19

图20

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5 SRA数据进度查询

图23

图24

好了，到此我们的转录组原始数据已经成功的上传到NCBI数据库里了！如果大家能够认真实际操作一遍的话，就会发现上传数据真的很简单呢！

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