单细胞转录组测序中的批次效应知多少？（上） / 开普饭

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大,一次能反映的细胞数量多.因此,通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作.翻开各类发表的单细胞组学文章,不管是CNS的还是其他,几乎所有的 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞转录组学产生了越来越多的数据,其中包含多达数百万个细胞中数千个基因的RNA表达水平.常见的数据分析管道包括降维步骤,用于以二维方 ...

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

A benchmark of batch-effect correction methods for single-cell RNA sequencing data对单细胞RNA测序数据的批次效应校正 ...

编译:小北,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读目的:链脲佐菌素(STZ)模型广泛应用于糖尿病研究.然而对这个模型中胰腺内分泌细胞和分子状态尚不清楚.本研究对胰岛细胞经STZ处理后的 ...

写教程的话,我的优点仅仅是量大,坚持了七年多写了超1万篇教程.但实际上绝大部分都浮于表面,深度不够. 恰好最近看到了一个超级优秀的博客,安排了其中几篇给学徒们翻译和理解,超级值得读! 阅读前面的翻译稿 ...

高通量单细胞测序的本质是细胞与barcode的独立配对,但往往很难达到在满足通量要求下的完美效率.促使笔者写这篇文章的原因,是最近发表在Nature method上的一篇文章Ultra-high-th ...

推荐:江舜尧编译:多儿编辑:马莉法国图卢兹癌症研究中心学者Jean-Jacques Fourniéa等人于2019年5月22日在<PNAS>上发表题目为<Single-cell ...

推荐:江舜尧编译:多儿编辑:马莉费城儿童医院学者Kai Tan等人于2019年5月7日在<Genome Biology>上发表题目为<SCRABBLE: single-cell ...

英国学者Sarah A. Teichmann.Kedar Nath Natarajan联合华大Shiping Liu等人于2019年4月9日在<Genome Biology>上发表题目为& ...

是时候把生信技能树的舞台交给后辈! 粉丝来稿作者:黑川五郎写在前面单细胞转录组以10X公司为主流,单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 面向单细胞的技术革命,让我们得以进入新的研究层面, ...

研究背景先天淋巴细胞(ILCs)是一种免疫细胞,它通过释放可溶性的因素调节对病毒.细菌和寄生虫的早期免疫反应.这些细胞可以根据细胞表面的转录因子及细胞因子被分为三个亚型,每种亚型都有不同的功能. 方 ...

单细胞转录组测序很热,想必很多人都想学习一下.因为大家都喜欢热点,热点好搞基金,更好发文章,这是科研圈的共识.既然这么热,我们就从安装R包开始.这些包还是挺多的,包安装不好,后面的分析就没有办法做了呀 ...

单细胞转录组测序中的批次效应知多少？ （上）