单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍 | Public Library of Bioinfor... / 开普饭

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03 ...

对应原版教程第9章:http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html 在scRNA-seq中,根据成千上万个基因表达信息(维度)定义细胞 ...

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

A benchmark of batch-effect correction methods for single-cell RNA sequencing data对单细胞RNA测序数据的批次效应校正 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 文章信息 Luecken MD, Theis FJ ...

推荐:江舜尧编译:多儿编辑:马莉法国图卢兹癌症研究中心学者Jean-Jacques Fourniéa等人于2019年5月22日在<PNAS>上发表题目为<Single-cell ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞转录组学产生了越来越多的数据,其中包含多达数百万个细胞中数千个基因的RNA表达水平.常见的数据分析管道包括降维步骤,用于以二维方 ...

文献详解栏目每个人的时间精力有限,必须优先阅读相关文献,开设这个栏目也是希望为大家推荐高质量的单细胞相关文献.如果大家对单细胞转录组感兴趣可以关注一下,哪怕每天只学一点点,积土成山,积水成渊. 当然 ...

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

‍ 文章信息文章题目:Deep generative model embedding of single-cell RNA-Seq profiles on hyperspheres and hype ...

做科研有多难?查找文献.设计实验.建立方法.做实验.数据分析.做报告.没有做过生信分析的多数人往往觉得做实验是最艰难的一环.但谁又明白生信分析的同学需要跨过的坑迈过的坎?在日复一日的科研生活中,也许有 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树. 生信技能树核心成员,单细胞天地特约撰稿人,简书创作者,单细胞数据科学家. 前情回顾 Seurat 4.0 ||您的 ...

探索性数据分析是数据科学模型开发管道的重要组成部分.数据科学家将大部分时间花在数据清洗.特征工程和执行其他数据整理技术上.降维是数据科学家在执行特征工程时使用的技术之一. 降维是将高维数据集转换为可比 ...

写教程的话,我的优点仅仅是量大,坚持了七年多写了超1万篇教程.但实际上绝大部分都浮于表面,深度不够. 恰好最近看到了一个超级优秀的博客,安排了其中几篇给学徒们翻译和理解,超级值得读! 阅读前面的翻译稿 ...

新课发布在B站了,马上有热心的粉丝看完后写了配套笔记: 下面是粉丝linbo的笔记投稿前言自学生信半载有余,跌跌撞撞,不敢和大佬同称萌新,勉强算得上菜鸡.根据课题组进展,马上要接手一个单细胞课题, ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 解释任何单细胞测序数据的起点都是对给定数据集中的细 ...

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