生信实操丨一个生信菜鸟的上道经验分享-转录组测序（富集分析绘图篇） / 开普饭

GSEA是非常常见的富集分析方式,以前我们做GSEA需要用依赖java的GSEA软件,那个时候准备分析的文件可能要花上很长时间,报错还不知道如何处理.现在我们来学习一下R语言进行GSEA分析. 加载R ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

一.GO分析的理论知识 what is Gene Ontology(GO)? 基因'本体论' Gene Ontology中最基本的概念是 term.GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形 ...

富集分析基因富集分析(gene set enrichment analysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白.研究方法可分为三种:Over-Repressentation Analy ...

经常收到粉丝提问,明明是按照我课程视频操作,也是按照我的代码在处理他自己的数据,但是做kegg数据库富集的时候,就是返回值为空. 另外,插一个题外话,因为黑粉瞎举报,我们生信技能树已经被取消了半个月的 ...

今天要介绍的这篇章是我们中国人写的,发表在Med Sci Monit上,这篇文章主要是通过下载GEO和TCGA的数据,通过差异表达分析,GO富集分析.KEGG富集分析,PPI分析,COX回归分析,筛选 ...

火山图大家应该是也基本上都没有问题,下面的MA图其实跟火山图非常的类似,两者都是log2FC信息,不同的是火山图展现P值,而MA图展现的是表达量情况! 火山图是为了说明log2FC比较大的一般来说具有 ...

最近咱们<生信技能树>的VIP答疑群,有这样的提问: 我觉得很有代表性,很多人仅仅是学了个皮毛,知道是需要进行ID转换,也能够运行代码.但是却搞不懂,不理解自己为什么进行ID转换,以及 ...

转录组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段,自从转录组测序问世以来,已经开发了数百种分析工具.根据转录组分析内容可大致将其分析流程分为比对,转录本组装,差异表达分析和差异基因 ...

上期的看图说话小编以一篇WGCNA分析的文章为例,教大家如何解读WGCNA的分析结果.今天,小编就来教大家如何用R进行WGCNA分析,快来和我一起学习吧~ 1.R包安装 WGCNA分析使用R包'WGC ...

生信实操随着测序技术的进步开发了一种单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术,单细胞转录组测序技术可以一次检测成千上万个细胞的转录水平,在单细胞水平上检测和定量基因表达水平变化,从而揭示bulk ...

几十年前,肺癌几乎可以和死亡划上等号,而随着科技的发展.研究的进行,医学界对于肺癌机制和诊疗的探索认知也逐步加深. 特别是近年来,肺癌领域风起云涌,无论是外科微创技术和手术技巧,还是内科靶向治疗和免疫 ...

你还认为普通转录组测序没有用吗? 最近看到群里有小伙伴在讨论一个数据集 GSE140275 ,我发现它这个简单转录组测序数据发两篇sci,是关于 acute ischemic stroke 这个疾 ...

邀请Amber写这篇分享,有这个想法是因为壁炉文化在国内还是个盲区.我发现很多哪怕国内高级别墅配备的砖砌壁炉,建造仍存在很多缺陷和不合理设计,费柴.取暖效率低下使得大多壁炉成了只在节假日烘托氛围的摆设 ...

现在展会繁多,企业不可能一一出现,如何运作准备?才能使企业参展投资的大额人力物力不打水漂,才不会变成企业负担和鸡肋,本人为<半导体行业采购指南>编辑部责任编辑,从事媒体行业十几年,每年参加 ...

外泌体的电镜是鉴定外泌体形态大小的一个常规手段,但对于研究外泌体表面蛋白或者更确切的去鉴定外泌体则需要通过电镜来观察蛋白质在外泌体中的位置,就需要做外泌体免疫胶体金电镜了.比如我们可以检测一些外泌体特 ...

WES就是通常我们说的全外显子测序,已经逐步应用到医疗领域了!本次例子的测试数据就是一个自闭症家系的全外显子测序数据结果,我本来雄心勃勃的想帮助他解决病因的问题,后来发现我还是太嫩了,只是会一点数据分 ...

生信实操丨一个生信菜鸟的上道经验分享-转录组测序（富集分析绘图篇）