手把手教你用R做GSEA分析 / 开普饭

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2604天黑色素瘤大家好,今天给大家带来一篇比较特殊的肿瘤复现文章,那本文特殊在哪里呢? 首先,这是一篇研究黑色素瘤的文章,相比与乳腺癌,肝癌,肺癌,黑色素瘤的研究人数 ...

GAEA df_all_sort <- df_all[order(df_all$logFC, decreasing = T),]#先按照logFC降序排序 gene_fc = df_all_so ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

新课发布在B站了,马上有热心的粉丝看完后写了配套笔记: 下面是粉丝linbo的笔记投稿多个亚群各自merker基因联合进行GO以及KEGG分析在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的maerker基因 ...

前两天介绍了一个开发中的单细胞数据分析相关R包,内置了,4(热图,气泡图,upset图,堆叠条形图)+4(密度散点图,半小提琴,山峦图,密度热图)美图,见 8种方法可视化你的单细胞基因集打分 ,蛮多小 ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大:纵坐标为P value(P值),值越大差异越显著.得名原因也许是因为结 ...

手把手教你用R语言做PCA主成分分析,不存在学不会作者简介本文作者Trigo Hoang,作者目前在香港攻读博士学位,硕士期间发表了多篇生信相关的SCI,累计影响因子35+,公众号简书会记录作者学 ...

Meta分析是循证医学中非常重要的工具,如果配上一个好的科学问题,它可以整合当前已有的证据,以量化的方式给出相对公正的结论,临床价值也可以非常巨大! 那如何使用R做Meta分析? 是不是觉得无从下手? ...

https://mp.weixin.qq.com/s/VXhDd8QrQqUw9ZNtlOP5XA 引言不知不觉,2019年已接近尾声,Python金融量化公众号也有一年零两个月.公众号自设立以来, ...

交互效应分析在SCI中是一个重要的组成,可以表示特殊的人群(也就是亚组)中自变量和因变量的结果关系,可以说是高分SCI必做的项目,在SCI中,这一部分结果很多都是以森林图来展示,这样结果又直观有方便分 ...

如果操作过量,即使对市场判断正确,仍会一败涂地.--索罗斯引言成交量是股票市场的温度计,许多股票的疯狂上涨并非基本面发生了实质性的变化,而是短期筹码和资金供求关系造成的.量价关系分析法是一种将价格 ...

俗话说,民以食为天,"吃"是"干饭人"们最关心的头等大事.说起"吃"的话题来,不少人头头是道:"三餐要按时吃.食物的种类要多样.营 ...

安装并导入要用到的R包 BiocManager::install("clusterProfiler") #感谢Y叔的clusterprofiler包 BiocManager::in ...

转换基因ID 如基因名是symbol,需要将基因ID转换为Entrez ID格式.Entrez ID实际上是指的Entrez gene ID,是对应于染色体上一个gene location的.每一个发 ...

手把手教你用R做GSEA分析