单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA)（2021公开课配套笔记） / 开普饭

今天要介绍的这篇章是我们中国人写的,发表在Med Sci Monit上,这篇文章主要是通过下载GEO和TCGA的数据,通过差异表达分析,GO富集分析.KEGG富集分析,PPI分析,COX回归分析,筛选 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

GSEA是非常常见的富集分析方式,以前我们做GSEA需要用依赖java的GSEA软件,那个时候准备分析的文件可能要花上很长时间,报错还不知道如何处理.现在我们来学习一下R语言进行GSEA分析. 加载R ...

新课发布在B站了,马上有热心的粉丝看完后写了配套笔记: 下面是粉丝linbo的笔记投稿前言自学生信半载有余,跌跌撞撞,不敢和大佬同称萌新,勉强算得上菜鸡.根据课题组进展,马上要接手一个单细胞课题, ...

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新课发布在B站了,马上有热心的粉丝看完后写了配套笔记: 下面是粉丝linbo的笔记投稿前言视频地址:https://www.bilibili.com/video/BV19Q4y1R7cu 一般来讲 ...

写在前面: 跟着science学习宏基因组终于迎来了第一批的结果,今天的MEGAN是一个比较好的注释流程,一体化注释数据库社区版本可以做很多数据库注释.基于这套流程,我们做了数据清洗,值得注意的是这套 ...

讲演出发点: 不好意思,之前我操作失误, 所以不得不讲. 点击阅读原文,跳转录屏链接 https://ke.qq.com/course/289170?tuin=72ed3eb 讲演形式: PPT讲演, ...

本文由沐子星根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 KEGG是1995年由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室建立的,是一个整合了基因组.化学和系统功能信 ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

这个网站作图有多好? 官网图例分析报告模仿科研论文的格式来展现分析结果,图文并茂,对生物学者极其友好: 报告中详细阐述了分析方法和图形的意义,而且图形都含可以发表的高清晰文件格式: 报告还提供了格式 ...

本文由沐子星根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 GO(Gene Ontology)是基因本体联合会(Gene Ontology Consortium)所建立的数据库 ...

单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA)（2021公开课配套笔记）